在Windows上,你可以使用Anaconda Prompt;在macOS或Linux上,你可以使用终端(Terminal)。 输入安装命令: 在命令行界面中,输入以下命令来安装bowtie2: bash conda install bowtie2 这个命令会从conda的默认频道或你配置的其他频道下载并安装bowtie2。 等待安装完成: 安装过程可能需要一些时间,具体取决于你的网络连接速...
{SampleName}.align.stat.xls：封装后从bowtie2的结果信息转换成自己需要的格式的结果输出文件，用于自己...
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在Linux 下使用 Conda 安装g++编译器,可以通过安装gcc包来实现。gcc包通常包含了g++编译器。以下是具体的步骤: 步骤1: 安装 Miniconda 或 Anaconda 步骤2: 创建一个新的 Conda 环境(可选) 建议在一个新的 Conda 环境中安装g++,以避免与其他环境的依赖冲突。
首先运行conda install -y bowtie2安装bowtie2。然后新建并进入到tophat文件夹。 先输入wget命令,下载到官网上的压缩包。 wget https://anaconda.org/bioconda/tophat/2.1.1/download/linux-64/tophat-2.1.1-py27_3.tar.bz2 1. 下载完成。 再解压文件夹。(gz文件才需要多加个z) ...
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
因为出现undefined symbol的根本原因是,tbb有bioconda, main, conda-forge三个版本,conda-forge是最新的结果,而我安装bowtie2用的就是最新的conda-forge, 而非bowtie2构建时候用的bioconda版本。如果我系统没有自带tbb,那么报错就是 symbol not found, 而非undefined symbol。因此真正的解决方法是卸载tbb和bowtie2,...
bowtie2 subread htseq multiqc samtools 安装方法 参考上面conda安装,这里直接push代码,就当回顾一下~ 代码语言:javascript 代码运行次数:0 复制 Cloud Studio代码运行 # 配置过镜像后,家目录下有一个.condarc文件,内容如下 $ cat~/.condarcchannels:-https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda...
bash Anaconda3-5.3.1-Linux-x86_64.sh #安装下载的sh文件 1. 2. 3. 5. 配置仓库镜像 以下三种配置方式,选取一个来源的频道配置即可,重复配置频道会造成冗余,降低软件安装速度。 ## (2). 配置仓库镜像 #一:官方频道 conda config --add channels bioconda ...
可以试试：conda install -c bioconda bowtie2