要在Conda环境中安装Bowtie2,你可以按照以下步骤操作: 打开命令行终端: 这可以是你的系统自带的终端(在Linux或macOS上)或Anaconda Prompt(在Windows上)。 输入安装命令: 在终端中,输入以下命令来安装Bowtie2: bash conda install -c bioconda bowtie2 这里,-c bioconda指定了从Bioconda频道安装Bowtie2,因为Bioc...
但是依然会报错。因为出现undefined symbol的根本原因是,tbb有bioconda, main, conda-forge三个版本,conda-forge是最新的结果,而我安装bowtie2用的就是最新的conda-forge, 而非bowtie2构建时候用的bioconda版本。如果我系统没有自带tbb,那么报错就是 symbol not found, 而非undefined symbol。因此真正的解决方法是卸载...
安装tophat / tophat2 选择版本更新的tophat2进行安装,tophat2是一款RNA-seq比对工具。 发现tophat官网上,都是python2.7的版本,基本停止更新了。 因此,需要另外创建一个Python版本为2.7的环境(这里我已经创建过了)。 首先运行conda install -y bowtie2安装bowtie2。然后新建并进入到tophat文件夹。 先输入wget命...
可以试试：conda install -c bioconda bowtie2
Conda的安装与使用 在服务器上使用Linux命令行安装Conda(Conda可以理解类似于应用商店或是mac里的Aapp Store。可以在conda里面安装软件,或者在conda之外安装),使用conda管理小环境和使用conda管理软件,用conda来安装和管理生信软件以及环境比较方便。 conda的安装 ...
6、利用conda 安装软件(bowtie2) 进入bioconda 官网:https://anaconda.org/bioconda/ 搜索bowtie2: bioconda搜索bowtie2 安装成功 参考链接:【详解】conda 安装与使用_ViatorSun的博客-CSDN博客_conda安装命令 https://www.jianshu.com/p/c632b444128c ...
提示安装成功 但是bowtie2报错缺失库文件 image.png 由于我是非root用户,权限受限 在两位老师@exps和@wandering大佬的指导下解决了这个问题 1、第一步查看服务器上是不是有缺失的这个文件 $strings /usr/lib64/libstdc++.so.6|grep CXXABI #如下图主目录下有 ...
make install,直接安装到相应目录就好啦。 软件安装方式 1)二进制文件安装 前言 当然我们也可以不用conda来安装软件。 创建并进入文件夹 代码语言:javascript 复制 mkdir bowtie2&&cd bowtie2 版本 软件安装提供了各种版本,因此需要注意合适的版本选择。
-n指定小环境的名字 rna,并安装 python=3 版本 安装conda的目的是,通过安装conda来安装其它软件,安装其它软件之前要构建一个小环境,可以创建多个小环境。有时候,A软件需要python=3和B软件需要python=2,python=2和python=3不兼容,就冲突了,创建小环境可以解决这个问题,A有自己的小环境,B有自己的小环境。 # 创建...
conda install -y bowtie bowtie2 conda install -y trim-galore 软件安装在默认目录下xuyongxin/miniconda3/envs/ChIP-seq/bin 安装R包 这里先不安装。 查看软件是否安装成功 输入软件名查看help,有帮助命令即安装成功。 2. 下载原始数据 这里使用的数据来自文章:Polycomb associates genome-wide with a specific...