-evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 还有其他的参数 -max_target_seqs:设置最多的目标序列匹配数 -num_threads:线程数,指定多少个cpu运行任务 等等 另一种情况,序列本身进行比对,也就是序列自己和自己比,可以发现内部的一些重复 blast...
Blastn提供了多个参数供用户设置,以优化比对结果。其中,Evalue是一个非常重要的参数,它表示随机序列产生比对结果的概率。较低的Evalue意味着更高的序列匹配显著性。用户可以根据需要调整Evalue值,以获得更精确的比对结果。此外,输出格式也是一个可以设置的参数,Blastn支持多种输出格式,如tab格式、XML...
2、BLASTN 的使用步骤及参数设置 数据库准备:使用makeblastdb命令创建所需的核酸数据库,这是进行BLAST搜索的前提,可以根据研究需求选择不同的输入文件和数据库类型。 参数选择:BLASTN 提供多种参数设置,如期望值(Evalue)、匹配奖励、错配惩罚等,合理调整这些参数可以获得更加精确或更广的搜索结果。 执行比对:运行BLAS...
4. 指定参数:除了输入文件和数据库外,还可以指定一些参数来调整BLASTN的比对行为。例如,可以使用-evalue参数设置期望值阈值,使用-outfmt参数指定输出格式,使用-word_size参数修改匹配字长等。 5. 分析BLASTN结果:运行blastn命令后,会生成一个结果文件。该文件包含了比对结果的详细信息,如匹配的序列、相似性得分等。可...
1. -evalue:设置预期值(期望得分)。预期值越小,说明结果的可靠性越高,默认值为10。 2. -word_size:设置比对过程中使用的核酸片段大小。较大的片段可以增加比对的敏感性,但也会增加计算时间,默认值为11。 3. -gapopen和-gapextend:设置开放缝隙和扩展缝隙的惩罚分值。开放缝隙是指在比对过程中允许插入或删除核...
blastn 多加上-taskblastn-short-word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 Tasks REF http://barcwiki.wi.mit.edu/wiki/blastTips ...
-evalue: 设置e值cutoff -outfmt format "7 qacc sacc evalue length pident" :这个是新BLAST+中最拉风的功能了,直接控制输出格式,不用再用parser啦。 7表示带注释行的tab格式的输出,可以自定 义要输出哪些内容,用空格分格跟在7的后面,并把所有的输出控制用双引号括起来,其中qacc查询序列的 acc,sacc表示目标...
可以通过设置-evalue参数来设定E值。 4. 输出格式选择 blastn有多种输出格式可供选择,包括默认格式、XML格式和tabular格式。默认格式是一个简单的文本格式,XML格式和tabuler格式提供了更多的比对信息。可以通过设置-outfmt参数来选择输出格式。 5. CPU核数选择 blastn可以并行运行,利用多个CPU核心提高运行速度。可以...
由于同一个subject和同一个query可能在不同的位置上都有匹配,-max-hsps这个参数就是为了设置同一个query和同一个subject的匹配结果最多可以在结果文件中保留多少个。 2.5 疑问 保留下来的是匹配度最好的吗?如果是的话,那么保留下来的这个的evalue一定得是最小的。
$ for i in `seq 1 500`; do blastn -query otu.fa -outfmt '6 qseqid sseqid qstart qend sstart send evalue' -db indexes/ref -out num_alignments/num-alignments-$i.txt -num_alignments $i; done 2.4 分析 2.4.1 这两个参数是不是设置对于每个query保留多少条比对结果?