通常，将E值设为小于10^-5被视为可接受的S值结果。具体而言，假设在相同的数据库下，当E值为0.001时，理论上会有1000条序列可能与目标序列的相似度超过当前S值。而将E值设置为10^-6时，可能仅得到一条最可靠的S值结果。
通常来讲,我们认为E值小于10-5就是比较可性的S值结果。我们可以想象,相同的数据库,E=0.001时如果有1000条都有机会S值比现在这个要高的话,那么不E设置为10-6时可能就会只得到一条结果,就是S值最可靠的那个。 但是E值也不是万能的。它在以下几个情况下有局限性: 1. 当目标序列过小时,E值会偏大,因为无法...
blastn-query input.fa-db./index-evalue1e-6-outfmt6-num_threads6-out out_file 参数解读: 代码语言:javascript 复制 -query:进行检索的序列。-db:使用的数据库。-evalue:设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。-outfmt:输出文件的格式,一般设置为6。-num_threads:...
E value为E值。Links从中可以链接到其它数据库的说明,如UniGene,GEO等。 Alignments: Alignments中有各个匹配序列匹配的详细信息。Length:输入序列的长度。Identities:一致性,或相似性,表示匹配的碱基数占总序列长的百分比。也就是两个序列有多少是一样的。Query代表输入序列。Sbjct代表数据库中的序列。Gaps:插入或缺失...
Blast结果中score, bit-score, p-value, e-value
答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 在数学上E用来表示“科学计数法”,如3.2×10^18 记作 3.2E18,即E=Exponent,指数;幂 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 相似问题 如何用ncbi设计引物以及验证引物 请问在ncbi上blast的时候,需要去除pcr扩增引物序列吗? 请问NCBI dna BLAST结果中Max score、Total...
对e-value值的by chance 进行解释 最近在使用blast进行序列检索的时候,有两个比较重要的评价标准,即Max score和e-value: score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相对的比较模糊了,官方的定义是e-value:the number of hits ...
E-value会随着S的增加呈指数下降;较大的E-value表明查询序列和检索到的序列相似性很可能是随机的,小的E-value表明序列相似性可能是因为同源(或潜在的趋同进化);E-value是反应比对显著性的一种方式,被广泛的用来评价查询序列和目标序列之间的同源性的可信程度。
1.比如E value值是3e-17，这代表什么？我想用计算器算出来大小。2.另外“query cover的意思是用于计...
一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E值。那么这个E value是什么呢?S值表示两序列的同源性,分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值就是S值可靠性的评价。它表明在随机的情况下,其它序列与目标序列相似度要大于这条显示...