通常，将E值设为小于10^-5被视为可接受的S值结果。具体而言，假设在相同的数据库下，当E值为0.001时，理论上会有1000条序列可能与目标序列的相似度超过当前S值。而将E值设置为10^-6时，可能仅得到一条最可靠的S值结果。
BLAST中使用的统计值有概率p值和期望e值。 E期望值(E-value)这个数值表示你仅仅因为随机性造成获得这一比对结果的可能次数。这一数值越接近零,发生这一事件的可能性越小。从搜索的角度看,E值越小,比对结果越显着。默认值为10,表示比对结果中将有10个匹配序列是由随机产生,如果比对的统计显着性值(E值)小于该...
blastn-query input.fa-db./index-evalue1e-6-outfmt6-num_threads6-out out_file 参数解读: 代码语言:javascript 复制 -query:进行检索的序列。-db:使用的数据库。-evalue:设置输出结果中的e-value阈值。e-value低于1e-5就可认为序列具有较高的同源性。-outfmt:输出文件的格式,一般设置为6。-num_threads:...
E value为E值。Links从中可以链接到其它数据库的说明,如UniGene,GEO等。 Alignments: Alignments中有各个匹配序列匹配的详细信息。Length:输入序列的长度。Identities:一致性,或相似性,表示匹配的碱基数占总序列长的百分比。也就是两个序列有多少是一样的。Query代表输入序列。Sbjct代表数据库中的序列。Gaps:插入或缺失...
在NCBI-BAST中blast引物序列,其中E-value是5e-04,请问5e-04什么意思, 扫码下载作业帮搜索答疑一搜即得 答案解析 查看更多优质解析 解答一 举报 在数学上E用来表示“科学计数法”,如3.2×10^18 记作 3.2E18,即E=Exponent,指数;幂 解析看不懂?免费查看同类题视频解析查看解答 ...
Blast结果中score, bit-score, p-value, e-value
5.E-value E-value is number of subject sequences that can be expected to be retrieved from the database that have a bit score equal to or greater than the one calculated from the alignment of the query and subject sequence, based on chance alone ,not homology. ...
对e-value值的by chance 进行解释 最近在使用blast进行序列检索的时候,有两个比较重要的评价标准,即Max score和e-value: score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相对的比较模糊了,官方的定义是e-value:the number of hits ...
Query Cover：表示咱们所查询的序列（query）与命中序列的匹配程度（也可理解为覆盖程度）。E value：是期望值或E值，表示当在一个特定大小的数据库中搜索时，我们期望看到多少条序列能够获得同样的得分值，如E=1则可解释为在一个与刚才搜索数据库大小相近的数据库中随机搜索，我们期望还能找到1条与本...
一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E值。那么这个E value是什么呢?S值表示两序列的同源性,分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值就是S值可靠性的评价。它表明在随机的情况下,其它序列与目标序列相似度要大于这条显示...