blastp -query test.fasta -out test.blast -db db.fasta -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 2 ②主要参数介绍: -query: 输入文件路径及文件名; -out:输出文件路径及文件名; -db:数据库路径及数据库名; -task: 共五个程序选择'blastn' 'blastn-short' 'dcmegablast' 'megablast' 'rmblastn' ...
1. 建库 makeblastdb -in xxx.fa -dbtype nucl 2. 进行序列比对 blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -o...
blast常用命令 1step:makeblastdb-in$data_name-dbtypenucl-out$database_name -dtype:protein:prot;nucleid:nucl 2step:blastn-query$query-out$outname-db$database_name-evalue1e-5 blastp-query$query-out$outname-db$database_name(-ee-5) *blastp-query*.fasta-out*txt-db$database_name-ee-...
blastn -query HMGA2.fasta -db Mus_musculus.GRCm38.dna.toplevel.fa.blastdb -out results.txt -evalue 1e-5 -outfmt 8 -perc_identity 90 -max_target_seqs 5 -num_threads 2 主要参数介绍: -query: 输入文件路径及文件名 -out:输出文件路径及文件名 -db:数据库路径及数据库名 -task: 共五个程序...
-evalue:设置输出结果的e-value值 -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数 -num_threads:线程数 核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx): (用法与blastp相似) blastn-query seq.fasta-outseq.blast-db dbname-outfmt6-evalue1e-5-num_descriptions10-num_threads8 ...
1. -in:需要格式化的序列文件,为fasta格式包含所有序列的单独文件 2. -dbtype:数据库的类型,nucl或者prot 3. -out:输出数据库的名称,后续比对会用到 第二步:比对 blastn -query<seq.fasta>-out<result.blast>-db<dbname>-outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_threads 10 ...
-evalue:设置输出结果的e-value值 -num_descriptions:tabular格式输出结果的条数 -num_threads:线程数 核酸序列比对核酸数据库(blastn)以及核酸序列比对蛋白数据库(blastx) 与上面的blastp用法类似: blastn -query seq.fasta -out seq.blast -db dbname -outfmt 6 -evalue 1e-5 -num_descriptions 10 -num_th...
blastx -query input.fasta -db nr -out output.txt -evalue 1e-5 -max_target_seqs 10 其中,input.fasta是待比对的DNA或RNA序列文件,nr是蛋白质数据库文件,output.txt是输出结果文件名。-evalue参数指定了比对结果的期望值阈值,这里设置为1e-5。-max_target_seqs参数指定了输出结果的最大序列数,这里设置为...
1，选择比对方法：2，输入需要进行比对的基因序列：3，等待系统进行自动比对：4，选择identity较高的比对...
blastn为例: blastn -query tese.fa -db dbname -out test.name -evalue 1e-5 -outfmt 6 -num_threads 8 -max_target_seqs 5 #6是为一行一行的格式.7为带注释行的tab格式的输出 -num_threads 8 是用多少cup,-max_target_seqs 5 设置最多的的目标序列匹配数 ...