BLAST中使用的统计值有概率p值和期望e值。 E期望值(E-value)这个数值表示你仅仅因为随机性造成获得这一比对结果的可能次数。这一数值越接近零,发生这一事件的可能性越小。从搜索的角度看,E值越小,比对结果越显著。默认值为10,表示比对结果中将有10个匹配序列是由随机产生,如果比对的统计显著性值(E值)小于该值...
BLAST是指Basic Local Alignment Search Tool,是生物信息学中的一种序列比对算法,用于寻找蛋白质或核酸的相似序列。 下面是一个BLAST结果, 后面有两个值,一个是S值,一个E值。可以发现,结果是依据S值的高低来显示的。 S值表示两序列的同源性,分值越高表明它们之间相似的程度越大。 E值就是S值可靠性的评价。它...
score值很好理解,即根据不同的打分矩阵,对序列间的匹配程度进行打分,得分矩阵比如PAM和BLOSUM(氨基酸): e-value值的概念看起来就相对的比较模糊了,官方的定义是e-value:the number of hits you expect to see by chance/false positive . 对于定义里面的“by chance”,也就是随机情况下指的是什么意思不是很了...
BLAST是一种用于生物信息学中蛋白质或核酸序列比对的算法，其结果中包含两个关键值：S值与E值。S值反映两序列间的同源性，数值越高表示相似程度越大。E值则是评价S值可靠性的指标，它表示在随机情况下，其他序列与目标序列的相似度超过S值的概率。因此，E值越低，S值的结果越可信。E值的计算公式为...
BLAST中使用的统计值有概率p值和期望e值。 E期望值(E-value)这个数值表示你仅仅因为随机性造成获得这一比对结果的可能次数。这一数值越接近零,发生这一事件的可能性越小。从搜索的角度看,E值越小,比对结果越显著。默认值为10,表示比对结果中将有10个匹配序列是由随机产生,如果比对的统计显著性值(E值)小于该值...
-evalue:设置输出结果的e-value值,一般1e-5; -num_threads:线程数,笔记本不要设大了,2就够了; -num_alignments:输出数据库中能与Query比对上的的序列数目,与max_target_seqs不能同时使用; -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4; -perc_identity :比对的最低相似度;...
blast结构的 e-value什么意思一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E值。那么这个E value是什么呢?S值表示两序列的同源性,分值越高表明它们之间相似的程度越大。E值就是S值可靠性的评价。它表明在随机的情况下,其它序列与...
在blast中E值(E-value)是什么?一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E值..
-evalue <evalue>:设置过滤结果的期望值(E-value)阈值。默认值为10。 -outfmt <format>:指定输出结果的格式。常用的格式参数包括: 0:Pairwise(默认格式) 5:XML格式 6:Tabular格式 7:Tabular格式(注释) 更多格式参数可以通过blastn --help查看。 除了上述常见的参数外,还有一些其他参数可以进一步调整BLAST比对的行...
一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E值。那么这个E value是什么呢?怎么来理解这个值呢? 下面是一个平常的blast结果, 后面有两个值,一个是S值,一个E值。可以发现,结果是依据S值的高低来显示的。