-evalue:设置输出结果的e-value值,一般1e-5; -num_threads:线程数,笔记本不要设大了,2就够了; -num_alignments:输出数据库中能与Query比对上的的序列数目,与max_target_seqs不能同时使用; -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4; -perc_identity :比对的最低相似度;...
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:设置比对模式,通常情况会有一个默认的task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值得一个指标,越小说明越可靠 注释: E值(E-value)在序列比对中的设置通常不同于常规比对。一般情况下,我们会将其设...
-outfmt:设置输出格式,常用6(表格形式)。 -num_threads:指定线程数,提高运行速度。 -out:设置输出结果文件(如out_file)。 5.运行结束后,可查看比对结果。 运行结束后,可查看比对结果。l如果需要显示序列每个碱基的比对情况,可省略-outfmt参数: blastn -query input.fa -db ./index -evalue 1e-6 -num_threa...
-task:设置比对模式,通常情况会有一个默认task,这里要设置为blastn-short -word_size:尽可能小,这里设为7 -evalue:类似于p值的一个指标,越小说明越可靠 1. 2. 3. 4. 5. evalue这个值跟平时一般序列比对时设置的完全不一样,以往我设置的是1e-5,这回我设的100和1。 当设置为blastn-short时,就默认了...
在设置 blast 参数时,需要根据研究的具体目标和数据来进行选择。下面是一些选择参数的原则: 3.1、比对敏感性 •当需要对比对结果的准确性要求较高时,可以增大word_size参数。较高的word_size可以提高比对的灵敏性。 •通过调整evalue参数设置期望误差数,可以平衡比对结果的假阳性和假阴性。 •通过调整gapopen和ga...
分别对应:工具 -query 比对序列文件(fasta格式) -db 数据库名 -out 比对结果文件名 -evalue 期望值(默认为10,一般设置le-5) -outfmt 比对结果参数 (三)比对结果的输出参数:0-18,常用0,5,6,7 0:成对输出,与在线比对结果相同 5:输出XML格式 6:输出table格式 7:输出带有注释行的table格式,有以下参数可通...
blastn -query yyy.fa -db xxx.fa -out out.txt -evalue 1e-5 -outfmt 6 -db: 指定blast搜索用的数据库,同建库步骤的序列 -query:用来查询的输入序列,fasta格式 -out:输出结果文件 -evalue: 设置e值cutoff,e值越小,相似度越高 -outfmt format:设置输出格式, 6是tab格式,7是有注释行的tab格式 ...
我们可以想象相同的数据库e0001时如果有1000条都有机会s值比现在这个要高的话那么不e设置为106时可能就会只得到一条结果就是s值最可靠的那个 【转载】在blast中E值(Evalue)是什么? 一般的,当我们使用BLAST(是一种用于在数据库当寻找任何蛋白质或者基因序列与你的目标序列一致的程序)时,我们会注意到这里有一个E...
-evalue:设置输出结果的e-value值,一般设为1e-5 -max_target_seqs:最多允许比对到数据库中的序列数目,参数仅适用于outfmt >4。 -perc_identity :比对的最低相似度 -num_threads:线程数,线程越多,运行速度越快,但占用的CPU也越多,不能高于电脑的线程数。
blastn -db database -query query_file -out output_file -evalue evalue_cutoff -num_threads threads “` 这是blastn(用于核酸比对)的示例命令。其中,`-db`指定要使用的数据库名称,`-query`指定要比对的查询文件,`-out`指定结果输出到的文件,`-evalue`指定期望值(E-value)的阈值,`-num_threads`指定使用...