1) 查看 blast.test 文件的前6行 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 head-6blast.test 2) 统计blast.test文件中共有多少行,多少列 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 wc-l blast.test head-1blast.test|tr'\t''\n'|wc-l 3)新建一个文件miniblast.text 代码语言:j...
AI代码解释 blastp-query test.faa-out nr_blast.out-db nr-outfmt6-evalue1e-5-num_threads20参数说明(可以使用blastp-help查看):-query:输入文件的文件名,即基因组预测的基因蛋白序列-db:Blast数据库的名字及其路径-out:输出文件的文件名-evalue:设置输出结果的e-value值,大于此值的比对被舍弃,默认为10-wo...
8. 使用cmd进入db文件夹下，对数据进行格式化，输入命令makeblastdb.exe -in testdb.fasta -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl。9. 等待格式化完毕。10. 使用cmd进入blast的db文件夹下运行命令blastn.exe -task blastn -query testseq.fasta -db testdb.fasta -out text.txt。其中blastn.e...
then #echo $a test -e $a.fasta && b=`cat $a.fasta |grep '>'| awk -F '|' ...
blastp -query test.fasta -out test.blast -db db.fasta -outfmt6-evalue 1e-5 -num_threads2 ②主要参数介绍: -query: 输入文件路径及文件名; -out:输出文件路径及文件名; -db:数据库路径及数据库名; -task: 共五个程序选择'blastn' 'blastn-short' 'dcmegablast' 'megablast' 'rmblastn' ,默认...
28、Phylogeny”中的“Neibour-Joining”;5) 选择“Test of Phylogeny”栏中的“Bootsrap”,“Replications”设定为1 000;在“Options Summary”栏中的“Model”项中,设定参数为“Kimura 2-Paramete”r,最后选择“Compute”; 6) 将分析结果采用Los Alamos HIV序列库提供的HIV-BLAST和Subtyping工具进行验证。 本文引...
and the steel frame sustained minimal damage. For the second blast test, the structure was enclosed with a blast-resistant façade, which resulted in higher damage levels with some brace connections rupturing, but the building did not collapse. Observations from the test program indicate the appre...
diamond blastp --db nr --outtest_pep_vs_nr.out--outfmt 6 qseqid qlen sseqid slen pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore staxids sscinames salltitles --query test_pep.fa --max-target-seqs 1 --evalue 1e-5 --max-hsps 1 --threads 45 --block-size...
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blastall -p blastn -d b_seq.fasta -i test_seq.fasta -o out.txt [参数解读]: -p:blastn/blastp/blastx/tblastn/tblastx分别对应不同的数据比对方式 -o:结果输出到文件(下图右),若无-o设置则输出在屏幕上(下图左): -e:指定一个实数,过滤掉期望值大于这个数的比对结果,默认为10,建议设置为1E-5...