(我已经打包好插件,直接在 TBtools 插件商店就可以下载~ 以后大批量BLAST就快多了) 用法很简单, 输入一个用来查询的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 输入一个蛋白数据库的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 设置一个输出文件就基本可以了。 我这里用荔枝DCL的蛋白序列为例,比对到拟南芥的蛋白序列库,库是直接从Tair下的。
TBtools快速进行基因家族分析|综合进化树、Motif、Domin、Gene Structure图 6.5万 44 09:07 App #Circos-1#有手就行!TBtools教你打造炫酷circos图 2.3万 1 01:27 App 1.TBtools的下载 9182 9 09:15 App 本地(离线)blast比对分析 21.8万 52 06:03 App 基因进化树的构建和美化(中) 【多序列比对与MEGA构...
序列比对是一种用于比较和分析序列之间的相似性和差异性的方法。 十分钟吃透blast比对底层逻辑并实操 - 生信果的文章 - 知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/663273804 一、使用tbtools blast 一般包括这12个值 blast 结果通常用x个hits(x表示任一数量的阿拉伯数字)表示,BLAST结果中每一行就是一个HSP(或者叫做hit)(...
🔍想要快速进行Blast分析吗?使用Tbtools可以轻松实现!首先,打开Tbtools并选择Sequnence Toolkit,然后进入Fasta Tools,选择Fasta Extract。📂📋接下来,你需要提供物种的总基因蛋白库文件(如果是找Cds,使用Cds文件)。输入输出文件名(格式为txt),并粘贴上筛选出来的基因家族成员的基因号。🔢🚀最后,别忘了先点击Init...
(我已经打包好插件,直接在 TBtools 插件商店就可以下载~ 以后大批量BLAST就快多了) 用法很简单, 输入一个用来查询的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 输入一个蛋白数据库的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 设置一个输出文件就基本可以了。 我这里用荔枝DCL的蛋白序列为例,比对到拟南芥的蛋白序列库,库是直接从Tair下的。
TBtools是一个用于细菌学和生物信息学研究的跨平台软件。除了支持多种文件格式的输入和输出外,TBtools还提供了一个可视化工具来显示BLAST结果。用户可以使用这个工具来查看每个比对的结果,包括E值、比对得分和覆盖率等指标。此外,TBtools还支持批量处理多个序列文件,从而提高了工作效率。3. GenomeMatcherGenomeMatcher是一个...
切换一个数据库比对,只需要鼠标点击选择另外一个数据库即可 其他特性 当然,最重要的是,Blast Zone 的数据库可以随时“重用”。关闭 TBtools,重新开启,那么数据库列表跟前一次关闭时,保持一致。 更有趣的地方,以后再说... 写在最后 路漫漫,其修远兮~一步一个脚印,做好自己即是一切。
打开TBtools 的 BLAST Zone 功能,导入该文件; 搞定,后续有待查的蛋白或者核酸序列,直接填入,点 Start 即可分析。 可以发现,非常简单。下面逐步详解。 下载Swissprot的蛋白序列文件 直接打开链接 可以看到 Swiss-Prot 字样,直接下载即可。 文件不大,大概是 86Mb,无需解压。
直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。查看结果 选择Dot Plot会出现如下结果：这样就能看到BLAST所有结果的信息。提取对应序列需要使用tbtools中的Fasta Extract功能。点击Sequence→Fasta tools→Fasta Extract (...
10老师你好，最近我在使用tbtool的blast时发生报错没有用过tbtools里面的blast，可能软件安装还是有问题吧...