【TBtools】进行本地全基因组blast比对, 视频播放量 8845、弹幕量 0、点赞数 98、投硬币枚数 29、收藏人数 256、转发人数 76, 视频作者 Senn生物学长-, 作者简介 感谢关注! ️v:win0798,可添加进【Graphpad Prism使用交流群】~,相关视频:【MEGA】建系统发育树详细
序列比对是一种用于比较和分析序列之间的相似性和差异性的方法。 十分钟吃透blast比对底层逻辑并实操 - 生信果的文章 - 知乎https://zhuanlan.zhihu.com/p/663273804 一、使用tbtools blast 一般包括这12个值 blast 结果通常用x个hits(x表示任一数量的阿拉伯数字)表示,BLAST结果中每一行就是一个HSP(或者叫做hit)(...
🔍想要快速进行Blast分析吗?使用Tbtools可以轻松实现!首先,打开Tbtools并选择Sequnence Toolkit,然后进入Fasta Tools,选择Fasta Extract。📂📋接下来,你需要提供物种的总基因蛋白库文件(如果是找Cds,使用Cds文件)。输入输出文件名(格式为txt),并粘贴上筛选出来的基因家族成员的基因号。🔢🚀最后,别忘了先点击Init...
(我已经打包好插件,直接在 TBtools 插件商店就可以下载~ 以后大批量BLAST就快多了) 用法很简单, 输入一个用来查询的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 输入一个蛋白数据库的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 设置一个输出文件就基本可以了。 我这里用荔枝DCL的蛋白序列为例,比对到拟南芥的蛋白序列库,库是直接从Tair下的。
“Blast Zone” 上开展 BLAST 分析,相比于 TBtools 中已有功能会更为方便。 查看结果 当然,也可以直接“Text View”。 切换一个数据库比对,只需要鼠标点击选择另外一个数据库即可 其他特性 当然,最重要的是,Blast Zone 的数据库可以随时“重用”。关闭 TBtools,重新开启,那么数据库列表跟前一次关闭时,保持一致。
一句话,就是随机访问文件不支持其他编码。当然,现在我优化了操作逻辑,目前基本都支持了。此时我想起来 BLAST Zone 或者 TBtools 的 BLAST GUI Wrapper 上,自从 NCBI BLAST+ 更新到 2.0 还是 2.12 之后,就再也不支持中文了,包括中文路径和中文文件名... 这...
“Blast Zone” 上开展 BLAST 分析,相比于 TBtools 中已有功能会更为方便。 查看结果 当然,也可以直接“Text View”。 切换一个数据库比对,只需要鼠标点击选择另外一个数据库即可 其他特性 当然,最重要的是,Blast Zone 的数据库可以随时“重用”。关闭 TBtools,重新开启,那么数据库列表跟前一次关闭时,保持一致。
直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以开始了（超短序列需要选择short mode）。查看结果 选择Dot Plot会出现如下结果：这样就能看到BLAST所有结果的信息。提取对应序列需要使用tbtools中的Fasta Extract功能。点击Sequence→Fasta tools→Fasta Extract (...
TBtools是一个用于细菌学和生物信息学研究的跨平台软件。除了支持多种文件格式的输入和输出外,TBtools还提供了一个可视化工具来显示BLAST结果。用户可以使用这个工具来查看每个比对的结果,包括E值、比对得分和覆盖率等指标。此外,TBtools还支持批量处理多个序列文件,从而提高了工作效率。3. GenomeMatcherGenomeMatcher是一个...
10老师你好，最近我在使用tbtool的blast时发生报错没有用过tbtools里面的blast，可能软件安装还是有问题吧...