最近要使用本地blast来寻找组内基因组的相似序列，所以准备使用tbtools来试试。参考网页 https://zhuanlan.zhihu.com/p/418163788 首先打开软件界面，选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 直接将需要BLAST的序列粘贴到input文本框中，选择好输出文件的格式、文件名和位置点击start就可以...
BLAST Zone的高阶使用 基因家族分析(两个策略) ... 当然,重点还是看大伙需要。 写在最后 怎么说呢,我觉得,大伙还是太给力了!或许我们可以再找找什么方式,组织类似的活动,这样更多的人可以产出好作品,帮助到其他朋友。
blast总是出问题 体现在两个方面 一个是创建blastZone出bug 一个是进行several sequences to a big file中blast结果是0kb 代码如图 2023年11月10日· 2 评论 已经安装了Rserver,但是在Batch Bubble Plot插件里依旧报错 2023年6月11日 blast-zone不知道哪里出问题了都不能用了。其他的blast程序也不能用。
利用TBtools软件Blast Zone和Two Sequence Files工具对物种全基因组进行Blast的比较 1848 2 05:14 App 利用TBtools软件「Blast Zone」和「Find Best Homology」工具一键构建进化树实现在全基因组水平进行特定物种同源基因鉴定的比较 2753 2 03:38 App 利用TBtools进行物种全基因组某家族成员的比对 1027 0 07:00 App...
感谢大佬开发TBtools这款好用的工具,已经推荐给我们课题组的学生,大家用得也得心应手。有一个小小的建议,就是在进行转录组测得的核苷酸序列blastzone比对到swissprot,采用Imitate NCBI-WebPage可视化比对结果时,貌似无法看出来输入的序列是正义链还是反义链?如果能给出提示就更完美了!
利用TBtools软件「Blast Zone」和「Find Best Homology」工具一键构建进化树实现在全基因组水平进行特定物种同源基因鉴定的比较 5457 0 01:58 App 利用TBtools软件Batch SMART工具批量鉴定保守结构域 368 0 04:07 App 利用TBtools软件「Gene Density Profile」工具进行全基因组基因密度统计 1088 2 15:26 App 利用...
1.blast使用 1.1 数据库构建 参考网页https://zhuanlan.zhihu.com/p/418163788 首先打开软件界面,选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 image.png 然后在这个界面先构建一个本地的数据库,作为blast的数据库。 image.png 可以点击config按钮来设置数据库的存放位置。
11、BLAST GUI Wrapper——Blast Zone 本地比对 11.1 NCBI Genome下载参考基因组 比如拟南芥的: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/4 Arabidopsis thaliana (thale cress)Reference genome:Arabidopsis thaliana (assembly TAIR10.1) [下载这里]Download sequences in FASTA format forgenome,transcript,protein ...
TBtools 的命令行批量操作 代谢物富集分析 BLAST Zone的高阶使用 基因家族分析(两个策略) ... 当然,重点还是看大伙需要。 写在最后 怎么说呢,我觉得,大伙还是太给力了!或许我们可以再找找什么方式,组织类似的活动,这样更多的人可以产出好作品,帮助到其他朋友。
安可酱…作者2022年02月25日 01:31 一个猜测,如果电脑只有一个盘符直接安装会出现该BUG,安装在U盘或移动硬盘下在复制到电脑中似乎可以解决该BUG。 赞 回复 TBtools官方2022年02月25日 17:08 恩,谢谢猜测。不过这个应该不会。主要还是没更新。前面某个版本我更新了 BLAST ,为了支持BLAST zonE 赞 回复 ...