当然,TBtools也有,我自认为TBtools的操作会简便很多,相比于其他工具。 对于Blast比对结果,TBtools也支持多种可视化模式,如 BlastXML输出是我个人比较推荐的输出方式,因为这一格式存储了较多的信息,相比于Table或者Pairwise格式。当然这不是一个human-readable的格式。所以TBtools也提供了工具,可以用于快速转换blastXML为table...
第一步:下载并安装TBtools TBtools下载地址:http://cj-chen.github.io/tbtools/download/。下载完成后,按照安装向导进行安装即可。 第二步:打开TBtools 安装完成后,打开TBtools软件。界面如下图所示: 第三步:选择目标物种 在“Blast/Diamond”标签页下,点击“Search Uniprot”按钮,即可打开UniProt数据库检索工具。选择...
4 参考序列集合的准备 从已经收录的网站下载tari UniProt动植物都有 自行整理(基于文献或自行鉴定的新家族) 5 双向Blast比对获取可能的成员 image.png image.png image.png 比对得到的结果,去重复得到uniq ID。就是query序列匹配到上一步由CDS得到的protein序列(target)的结果。 下面再extract上述42个ID的protein se...
2.1 Pfam 结构域下载:InterPro 2.2 拟南芥 AP2 亚家族成员的蛋白序列下载: TAIR 数据库[TAIR - Browse - Gene Families (arabidopsis.org)](TAIR - Browse - Gene Families) 2.3 依据拟南芥AP2/ERF蛋白序列进行blast初步筛选 2.4 hmmerscan 鉴定基因 ###或者在Linux系统下操作### hmmsearch --cut_tc --...
下载Reviewed的PF04755序列 二、同源序列检索预测 对于同源基因的搜索,很多基因家族的文章都使用HMMER进行检索,也有一些文章是使用BLAST。你任选其中一个即可,都能获得你想要的结果同源基因。在做分析的时候,我将使用Hmmer寻找同源基因的文章分享在公众号中,在评论区有一个大佬对HMMER和BLAST之间的差异给出回答。
(我已经打包好插件,直接在 TBtools 插件商店就可以下载~ 以后大批量BLAST就快多了) 用法很简单, 输入一个用来查询的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 输入一个蛋白数据库的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 设置一个输出文件就基本可以了。 我这里用荔枝DCL的蛋白序列为例,比对到拟南芥的蛋白序列库,库是直接从Tair下的。
TBtools是基于Java开发的跨平台软件,可在Windows、Mac OS、Linux等操作系统上运行。用户可前往GitHub或官方网站下载最新版压缩包,包含可执行的Jar文件或Windows安装程序。 系统要求 Java运行环境(JRE 1.6或以上,推荐1.8+) 建议内存不低于4GB 如果使用BLAST等模块,需安装NCBI BLAST+并配置环境变量 ...
TBtools是一款集成了丰富功能的生物信息学软件，尤其适合不习惯使用命令行操作的硕博士研究生作为日常实验过程中的辅助工具。其主要特点和功能如下：界面模块清晰：sequence toolkit：主要用于序列操作。blast：用于序列比对。GO&KEGG：提供功能注释服务。graphics：具有绘图功能。others：包含各种其他功能。games：...
我大体看了下 blast2go 的文章以及他所使用的数据库,基本了解了主要逻辑后,自己写了一个 perl 版本的 idmapping,功能即将NR等蛋白序列库注释转换为GO注释。事实上,用起来还是不错。看着bioinformatics*群不时讨论到GO注释相关问题,一时兴起,我又写了一个 Java 界...
物种内共线性分析(MCScanX+BLAST+TBtools) 数据要求:做物种内共线性分析的话主要需要的是 全基因组序列、cds或pep序列、gff3/gtf序列三者缺一不可。 上一节下载好了cds序列以及gff3序列文件,以此为例(数据可在Phyzome下载,也可以在服务器上在线下载)