自行整理(基于文献或自行鉴定的新家族) 5 双向Blast比对获取可能的成员 image.png image.png image.png 比对得到的结果,去重复得到uniq ID。就是query序列匹配到上一步由CDS得到的protein序列(target)的结果。 下面再extract上述42个ID的protein sequence的fasta数据 接下来去NCBI blastp image.png 用TBtools把xml格...
新手TBtools Blast 查找同源基因, 视频播放量 871、弹幕量 0、点赞数 24、投硬币枚数 12、收藏人数 35、转发人数 6, 视频作者 三三的宝子, 作者简介 我要少年的你那份笃定。,相关视频:TBtools 查找同源基因和保守结构域可视化分析详细教程,最新Pfam查找基因保守结构域,
新建一个multiple文件夹 接下来在做菠萝和香蕉的比对 步骤按上面 提取cds,pro(考虑可变剪切,可以选择最大长度可变剪切序列),然后互相比对得到blast结果 上面个gff和blast结果分别merge,就可以比对了
进化树分析和绘制,也有很多教程,参考iqtree+ggtree绘制进化树教程、或是你也可以使用MEGA来做分析。 2.6.1 iqtree+ggtree绘制进化树教程 「参考」:iqtree+ggtree绘制进化树教程 iqtree获得树文件 「所需软件」 mafft iqtree「mafft安装」我是使用服务器中运行的,安装可以使用conda conda install mafft 「iqtree官网...
01:26 【第2集】blast比对及结构域预测 01:44 【第1集】植物基因组数据下载 00:53 基于无缝克隆设计连载体引物的两种方法#snapgene软件和CE-design在线工具使用实例#同源重组#结果比较#省流 01:12 IBS 2.0 生物序列绘图工具 03:14 #Circos-1#有手就行!TBtools教你打造炫酷circos图 无Ct和没条带 7.1...
2021.10.15更:因为这些内容之前都是通过Markdown写的,转过来可能现在代码块变得极其难看,我的个人博客网址是:lxz9.com 以及 公众号:生信技术,大家可以关注一下,以后我会更新优质、准确、详细的内容教程,下面是原内容 软件要求:MCScanX、blast、TBtools(JCVI) ...
blast:序列比对 GO&KEGG:功能注释 graphics:绘图 others:大杂烩的功能都在这里 games:其实是一个彩蛋 想要什么功能就在对应的模块下面寻找即可。但现在TBtools少说也有几百个功能了,这对于新手来说却是麻烦,所以如果从别人写的教程里面看到的功能。自己却找不到对应功能的时候,就从以下三个方面考虑解决: ...
BLAST需要的是【已知的序列】TBtools的BLAST界面是这样的(联网blast,其实跟ncbi差不多所以没啥必要)本地blast请选择blast+并使用命令行进行(还要建库,贼麻烦)不过本地的好处就是,库里没有的也能blast,毕竟物种那么多,指不定CNBI上就没有咳咳,扯回来,那么要怎么blast出我们需要的家族基因呢?看文献里有莫得提过...
在这段时间,我操作系统转向ubuntu(Linux的一个发行版,这似乎是我第一次尝试在工作中不使用windows)。用Java写了一个感觉比较有趣的东西,大体就是可以方便地将任何命令行转换成界面工具。比如,只要编写一个配置文件,那么就可以把 BLAST 命令转换成界面化工具...
根据ID搜索GFF文件中的相关信息,用notepad++会更便捷些吧。 sequence toolkit其它的功能我都没怎么用过,想知道的话可以自己摸索或者去TBtools的Q群里面找“TBtools使用教程第一部分sequence toolkit”,上网搜下应该也会有很多教程的。谢谢华南农大的陈老师开发的这个软件! #缘之空~...