对于Blast比对结果,TBtools也支持多种可视化模式,如 BlastXML输出是我个人比较推荐的输出方式,因为这一格式存储了较多的信息,相比于Table或者Pairwise格式。当然这不是一个human-readable的格式。所以TBtools也提供了工具,可以用于快速转换blastXML为table格式或者TBtools自定义的table格式 互惠Blast,常常被用于做两个物种之间...
自行整理(基于文献或自行鉴定的新家族) 5 双向Blast比对获取可能的成员 image.png image.png image.png 比对得到的结果,去重复得到uniq ID。就是query序列匹配到上一步由CDS得到的protein序列(target)的结果。 下面再extract上述42个ID的protein sequence的fasta数据 接下来去NCBI blastp image.png 用TBtools把xml格...
(我已经打包好插件,直接在 TBtools 插件商店就可以下载~ 以后大批量BLAST就快多了) 用法很简单, 输入一个用来查询的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 输入一个蛋白数据库的fasta文件(或者黏贴Fasta序列) 设置一个输出文件就基本可以了。 我这里用荔枝DCL的蛋白序列为例,比对到拟南芥的蛋白序列库,库是直接从Tair下的。
在序列比对方面,TBtools可以进行本地blast并根据blast结果提取相关序列。 在进行多序列比对时,TBtools使用的是ClustalW这一常用的多序列比对工具。ClustalW的工作原理是基于多序列比对的,旨在通过识别序列中的相同和不同之处,帮助研究人员理解这些序列的功能和演化关系。
使用BLAST 功能将拟南芥的蛋白比对到菠萝的蛋白序列; 使用表格工具提取比对到的菠萝蛋白序列ID; 使用Fasta Extract 基于得到的 ID 从菠萝蛋白序列文件中提取出目标蛋白序列。 当然,其后可能还有一些分析。 换句话说,假定我们使用一些命令行工具,那么步数是完全一样的,不过可能写起来命令会比使用 TBtools 一个一个界面跳...
一、什么是Blastbalst是NCBI中用来将一个蛋白质或DNA序列和各种数据库中的其他序列进行比对的主要工具。Blast探索是研究一个蛋白质和基因的最基本方法之一。 二、Blast的运用确定特定的蛋白质或核酸序列有哪些直系同源或旁系同源序列确定哪些蛋白质和基因在特定物种中出现确定一个DNA或蛋白质序列身份 发现新基因确定一个...
对于同源基因的搜索,很多基因家族的文章都使用HMMER进行检索,也有一些文章是使用BLAST。你任选其中一个即可,都能获得你想要的结果同源基因。在做分析的时候,我将使用Hmmer寻找同源基因的文章分享在公众号中,在评论区有一个大佬对HMMER和BLAST之间的差异给出回答。
TBtools中 Blast Several Sequnences to a Big Database, 输入意大利峰P450蛋白序列,和提取到目标物种的蛋白序列。设置E值等。 输出结果 复制比对上的gene名,下一步根据这些gene名提取目标物种的P450蛋白序列。 4.提取目标物种的P450基因家族所有蛋白序列 ...
tbtools比对没反应是因为数据功能弄错了。TBtools。功能很简单，主要是做做序列提取，也做了BlastWrapper（当时并不稳健）。目的很纯粹，课题组的人不会找我提取序列，也可以直接Blast到转录组找序列。那时候接触TBtools的朋友，或许都这么认为。当然，后来我对这方面进行了各种增强，也保证了其现在的稳健性...
TBtools是一款集成了丰富功能的生物信息学软件，尤其适合不习惯使用命令行操作的硕博士研究生作为日常实验过程中的辅助工具。其主要特点和功能如下：界面模块清晰：sequence toolkit：主要用于序列操作。blast：用于序列比对。GO&KEGG：提供功能注释服务。graphics：具有绘图功能。others：包含各种其他功能。games：...