要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道来安装BLAST或其相关的conda包。 以...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index 注释: ...
1. 简介 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),是一套在DNA数据库或蛋白质数据库中进行局部相似性比对分析的工具,其中包括blastn(核酸比核酸),blastp(蛋白比蛋白)和blastx(核酸比蛋白)、tblastn(蛋白比核酸)等工具。 2. 安装 2.1 利用conda安装 conda install blast 2.2官网下载安装包,解压缩后安装 下载:f...
(1)直接conda安装就行:conda install blast2.2.31 建议先去bioconda官网看一下软件名字和版本 (2)建库比对 makeblastdb -in /share/home/ncbi/genomic.fa -dbtype nucl -parse_seqids -out nucl_blastdb -logfile nucl_blastdb_log #核酸库makeblastdb -in /share/home/ncbi/pep.fa -dbtype prot -parse...
conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 Please update conda by running &#...
conda install blast 二、blast类型 三、blast的用法 1. 本地BLAST的基本步骤 1. 用makeblastdb为BLAST提供数据库 2. 选择blast工具,blastn,blastp 3. 运行工具,有必要的还可以对输出结果进行修饰 2. 建立检索所需数据库 BLAST数据库分为两类,核酸数据库和氨基酸数据库,可以用makeblastbd创建。可以用help参数...
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 复制 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。
采用conda安装,可能出现网络连接超时等问题,重复尝试: # 安装blast$>>conda install-c bioconda blast# blast安装perl模块的方法$>>conda install perl-digest-md5 二、 BLAST使用方法 第(1)步:makeblastdb命令建立检索所需“数据库” blast数据库有两种类型:核酸数据库(关键字:nucl)和氨基酸数据库(关键字:prot)...