使用conda安装即可,包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 2. 构建数据库 在比对前,需要先用参考序列文件创建数据库: makeblastdb -in genome.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -out ./index 注释: ...
要使用conda安装BLAST(Basic Local Alignment Search Tool),首先需要明确的是,BLAST本身并不是一个标准的conda包,因为它是由NCBI(National Center for Biotechnology Information)开发的一个复杂的应用程序,主要用于生物学数据的比对分析。然而,你可以通过conda的Bioconda或conda-forge频道来安装BLAST或其相关的conda包。 以...
2. conda安装: 先conda search blast 查看包含哪些版本,最后选择所需要的版本进行安装,如: conda search blast conda install blast2.2.31 3. 参考文章 六、BLAST+的运行 1. 建库 makeblastdb -in db.fasta -dbtype prot -out dbname 主要参数说明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:数据库类型,prot或nucl ...
Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast # blast安装perl模块的方法 conda install perl-digest-md5 BLAST的主要理念 Search may take place in nucleotide and/or protein space or translated spaces ...
我从conda安装,命令如下: conda install -c bioconda blast ##安装过程如下: Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version: 4.11.0 ...
因为要使用本地blast 我从conda安装，命令如下：conda install -c bioconda blast 安装过程如下：Collecting package metadata (current_repodata.json): done Solving environment: done ==> WARNING: A newer version of conda exists. <== current version: 4.8.4 latest version:...
1.1 利用conda安装,关于conda请看之前的简文 代码语言:javascript 复制 #启动环境 $ source~/miniconda3/bin/activate $ conda install blast 比较简单 1.2 直接下载安装 首先在ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载最新版本的BLAST程序。
简介:Basic local alignment search tool (BLAST)包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 Basic local alignment search tool (BLAST) 包括:blastn, blastp, blastx, tblastn, tblastx等. 使用conda安装即可。 conda install -c bioconda blast#blast安装perl模块的方法conda isnt...
而且因为是conda安装的,我们不需要修改什么配置文件和依赖关系,还是挺省事的。 用aspera下载数据库nr/nt nr/nt数据库也可以通过ftp方式获得,点击这里查看ftp网址 为了方便找到下载到本地的数据库,先在家目录新建db/blast文件夹,进入这个文件夹后,在当前目录下运行如下命令: ...
2.1 利用conda安装 conda install blast 2.2官网下载安装包,解压缩后安装 下载:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 解压缩 将目录添加到系统环境变量 3. 使用(以blastn为例) 3.1 两条序列进行比对 blastn -query<query.fa>-subject<subject.fa>-out<输出结果>-outfmt 0 -dust no...