用于本地比对是比较方便的。但是blast db数据库中没有专门针对某个物种的构建好的数据库，因此我们可以...
图3|blastdbcheck检测数据库完整性。 2.2 用于blast比对的序列准备 当时因为做的是AOA/AOB-amoA基因的克隆测序,所以我下载了NCBI中的所有AOA/AOB-amoA基因的fasta格式序列,用makeblastdb构建数据库,然后再进行比对。这里就使用blastdbcmd下载一些序列用于学习blast操作。也可以从NCBI(可以使用edirect本地下载)或其他数...
README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: perl update_blastdb.pl ...
datadir=/data/mysql #制定为新的数据存放目录 #启动数据库服务 service mysqld start 四、Blast2go的数据和软件准备 1. 首先,下载4个数据数据库(目前有两个数据官网已经下架了,需要的找我私聊!!!) go_monthly-assocdb-data.gz :共6.22G gene_info.gz:共417M gene2accession.gz:共1.18G idmapping.tb.g...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
blastdbcmd可以从构建好的库里提取序列 构建NR库可以有两种方式,一种是上述下载链接直接下载构建,另一种可以从ftp下载已经构建好的NR库 #方法 1) 使用上面下载nr库解压后makeblastdb构建数据库 #方法 2) wget -c https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nr.* ...
-db <String> 数据库名字 -out <File_Out> 输出文件 -evalue <Real> evalue阈值 -outfmt <String> 输出的格式 blast构建索引 |makeblastdb 1 makeblastdb -inmature.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title miRBase -parse_seqids -out miRBase -logfile File_Name ...
2.blast+本地数据库的构建 2.1数据的获取 法1:直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库,或者自己已有的测序数据(格式必须是fasta,名字可以自己随便命名,具体做法下面有说明)。 法2:从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库,其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为...
1.1 数据库构建 参考网页https://zhuanlan.zhihu.com/p/418163788 首先打开软件界面,选择BLAST→BLAST GUI Wrapper→Blast Zone 会出现如下界面 image.png 然后在这个界面先构建一个本地的数据库,作为blast的数据库。 image.png 可以点击config按钮来设置数据库的存放位置。