blast 的版本不能太高,因为blast2go的版本就很低(高版本的blast2go无法本地化),我这里blast版本 2.2.31+, nohup blastp -db /mnt/nas1/wanghw/database/nr/nr -query /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.fa -out /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.2.31....
blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个...
blast+:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。
BLAST search pages under the Basic BLAST section of the NCBI BLAST home page(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)use a standard set of BLAST databases for nucleotide, protein, and translated BLAST searches. These databases are made available as compressed archives of pre-formatted form) and can b...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：核酸序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 45347 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
1blast+的本地化构建 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 下载ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz（绿色版），解压到d盘，并将文件夹更名为blast（我习惯这样做，因为在dos中写命令时方便），这样就安装完毕了，blast下具2个文件即bin 和doc。2 数据库下载 2.1法1...
2.blast+本地数据库的构建 2.1数据的获取 法1:直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库,或者自己已有的测序数据(格式必须是fasta,名字可以自己随便命名,具体做法下面有说明)。 法2:从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库,其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为...
构建本地化Blast2GO数据库的流程，旨在解决在线版本速度慢且不利于大规模GO注释的问题。以下是详细的步骤和功能说明：功能涵盖：序列比对至NCBI的Nr数据库，获取Nr注释 核酸或蛋白质序列进行InterPro注释 在得到Nr注释后，通过Blast2GO数据库，将注释转换为可信的GO注释 环境准备需注意下载Linux版本的Java，...