blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令...
blast db:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl README:ftp.ncbi.nlm.nih.gov/bl 但是以NT库为例,截至2022年11月17日包有219G,网络不好的情况下,下载很慢,如何快速下载? 1.Aspera 下载 nt 库: ascp -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -l 100M -k 1 -T anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:...
下载blast:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+ 先了解BLAST Databases:BLAST FTP Site 如何下载NCBI blast数据库? NCBI提供了一个非常智能化的脚本update_blastdb.pl来自动下载所有blast数据库。 脚本使用方法: perlupdate_blastdb.pl nr 有哪些可供下载的blast数据库? perlupdate_blastdb.pl -...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 44954 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：核酸序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），...
1blast+的本地化构建 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST 下载ncbi-blast-2.2.23+-ia32-win32.tar.gz（绿色版），解压到d盘，并将文件夹更名为blast（我习惯这样做，因为在dos中写命令时方便），这样就安装完毕了，blast下具2个文件即bin 和doc。2 数据库下载 2.1法1...
blast构建索引 | makeblastdb makeblastdb -in mature.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title miRBase -parse_seqids -out miRBase -logfile File_Name -in 后接输⼊⽂件，你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋⽩ -title 给数据库起个名，好看~~(不能⽤在后⾯...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
2.blast+本地数据库的构建 2.1数据的获取 法1:直接从NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库,或者自己已有的测序数据(格式必须是fasta,名字可以自己随便命名,具体做法下面有说明)。 法2:从NCBI中的ftp库下载所需要的某一个库或几个库,其链接为ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/其中nr.gz为...