blast 的版本不能太高,因为blast2go的版本就很低(高版本的blast2go无法本地化),我这里blast版本 2.2.31+, nohup blastp -db /mnt/nas1/wanghw/database/nr/nr -query /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.fa -out /mnt/nas1/wanghw/software/blast2go/b2g4pipe/test.60.2.31....
blast db:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db README:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/README 通过查看README,我们知道nt和nr库的内容:nr是蛋白库(非冗余的),nt是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载blast数据库。 首先用以下命令...
BLAST search pages under the Basic BLAST section of the NCBI BLAST home page(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/)use a standard set of BLAST databases for nucleotide, protein, and translated BLAST searches. These databases are made available as compressed archives of pre-formatted form) and can b...
通过查看 README,我们知道 nt 和 nr 库的内容:nr 是蛋白库(非冗余的),nt 是核酸库(部分非冗余的)。 下载blast 库 BLAST+程序包中提供了一个脚本update_blastdb.pl可以方便地下载 blast数据库。 首先用以下命令查看有哪些数据库可供下载: 代码语言:javascript ...
本文旨在帮助您理解如何构建NCBI Blast本地数据库，包括NT和NR等。首先，我们需要访问ftp.ncbi.nlm.nih.gov获取blast+、blast db以及README文件，以便了解数据库的详细信息。NR数据库是非冗余的蛋白库，而NT数据库则是部分非冗余的核酸库。在安装了BLAST+的程序包后，可以通过脚本update_blastdb.pl轻松...
构建NCBI本地BLAST数据库 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast构建索引 | makeblastdb 2017-02-21 18:38 −... Life·Intelligence 0 44954 PSI-BLAST|PHI-BLAST|UniProt|IGV|Galaxy|clustalx 2019-12-25 15:29 −生物信息学软件: NCBI:BLAST,设定k-mer 默认是全局比对,Blastn是局部比对。
假设有一序列数据（sequence.fa，多序列，fasta格式），欲自己做成Blast数据库，典型的命令如下：核酸序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p F –o T/F蛋白序列：$ ./formatdb –i sequence.fa –p T –o T/F执行blast:获得了单机版的Blast程序，解压开以后，如果有了相应的数据库（db），...
blast构建索引 | makeblastdb makeblastdb -in mature.fa -input_type fasta -dbtype nucl -title miRBase -parse_seqids -out miRBase -logfile File_Name -in 后接输⼊⽂件，你要格式化的fasta序列 -dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋⽩ -title 给数据库起个名，好看~~(不能⽤在后⾯...
构建本地版blastn数据库 参考: https://blog.csdn.net/Elean_Fang/article/details/121201539 https://www.jianshu.com/p/ed6a3aa7784b?utm_campaign=maleskine
主要功能首先，本地化Blast2GO能够实现关键功能，包括：通过比对到NCBI的Nr数据库，获取Nr注释对核酸或蛋白质序列进行InterPro注释将Nr注释转化为经过验证的GO注释环境配置成功搭建本地化环境需要具备Java和MySQL环境。对于Java，确保已安装，并在配置文件中设置正确路径。MySQL方面，涉及到卸载、初始化、更改...