Anaconda囊括了100多个常用的Python包,一键式安装,解决Python包安装的痛苦。但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bioconda (https://bioconda.github.io/index.html)频道后,生物信息分析的1500多个软件都可以一键安装了,免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。对于经常编译软件的人,这一点还不够有吸引力。
但目前 bioconda 官方镜像速度还可以,且国内镜像如果有多人访问时会造成拥堵,反而更慢了,具体使用看个人需求。 代码语言:javascript 复制 添加清华大学镜像 conda config--add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/conda config--add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/an...
bash Anaconda3-4.2.0-MacOSX-x86_64.sh#根据版本不同,这里会有区别,3-4.2对应Python3,2-4.2对应Python2.7conda search <package name>#查询某个软件,如果本机已经安装,会在对应版本前以“*”标示conda install <package name>#安装软件conda install numpy=1.9.0 #指定安装特定版本 bioconda文档提到,使用之前需...
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/ conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ 注意:这里可以将conda换成ma...
1. 下载并使用普通用户安装bioconda 使用wget命令下载bioconda，执行bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh脚本进行交互式安装。2. 安装并配置路径 按照提示进行安装，并选择将bioconda软件目录添加到.bashrc的PATH变量中。3. 完成安装 软件安装完成后，通过source ~/.bashrc刷新配置或新开窗口执行conda命令...
Bioconda是Conda的一个channel,Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。而BioConda是Conda专门为生信开的一条通道,里面有非常多的软件,可以直接安装。 Bioconda需要先安装Miniconda,Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代,默认只包含了 python 和 co...
但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bioconda (https://bioconda.github.io/index.html)频道后,生物信息分析的1500多个软件都可以一键安装了,免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。对于经常编译软件的人,这一点还不够有吸引力。最吸引我的是它的工作环境概念,可以简单的配置不同Python版本的环境、不...
Bioconda是生物软件库,可以利用Conda快速安装绝大多数生物学软件,让生物学家从复杂的版本和依赖关系中解脱出来,专心数据分析。 Bioconda主页:https://bioconda.github.io/ 想查询要使用的软件及指定版本是否己被Bioconda收录,可访问 https://bioconda.github.io/recipes.html#recipes 查询: ...
conda config --add channels conda-forgeconda config -add channels defaultsconda config --add channels rconda config --add channels bioconda 推荐新建工作环境下安装软件: conda create -n aligners bwa bowtie hisat star -y# create -n aligner:新建一个名为 alinger 的工作环境 # bwa bowite hista ...
1 了解 conda,anaconda,miniconda,bioconda 套娃 1.1 conda conda是一个软件模块管理工具,也是一个可执行命令,其核心功能是包管理与环境管理,可以用来管理Python, R, Ruby, Lua, Scala, Java, JavaScript, C/ C++, FORTRAN等语言的模块。在python中使用比较多,有点类似于pip工具。