使用方法二: conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/bioconda/ conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/conda-forge/ conda config --add channels http://mirror.genek.tv/conda/r/ 镜像每月更新一次 编辑于 2018-09-19 19:38 内容所属专栏 生信笔记 订阅专栏 ...
Bioconda is a channel for the conda package manager specializing in bioinformatics software。 昨天,偶然发现: 8月22号,让生信小伙伴日顾夜盼的bioconda中国镜像已经在清华tuna镜像源的一个服务器上建成了,感谢清华源和那个去呐喊的小伙伴@hyacz。 镜像地址:https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/c...
昨天,偶然发现: 8 月 22 号,让生信小伙伴日顾夜盼的 bioconda 中国镜像已经在 清华 tuna 镜像源的一个服务器上建成了,感谢那个去呐喊的小伙伴 @hyacz。 镜 像 地 址: https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/ bioconda/ 一直一来,小伙伴们倍受 bioconda 服务器在国外,没有国内镜 像,...
但是在第一篇的时候,我说了”bioconda虽好,就是没有国内镜像,下载速度太慢“、 第二篇,我在某天突然领悟到,原来bioconda解决我们安装软件依赖的途径就是自己准备好软件所需要的依赖包。因此提高下载速度的方法就有了,就是用已有的conda国内镜像源解决依赖包安装问题。 对于一些本身文件就不大的软件,比如说不到10M...
自从bioconda的出现，生物信息软件的安装变得非常简便，理论上仅需一条命令即可完成。然而，由于这些软件仓库位于国外，下载速度慢是一个普遍存在的问题。因此，基因课团队建立了一个bioconda的镜像，并现正邀请大家参与公测。请在评论区分享您的使用体验，以便我们不断改进和完善。您只需直接修改 ~/.condarc...
注释:目前该镜像可用,若日后出现网络连接失败等error,更换最新镜像即可 conda config --set show_channel_urls yes # 完成后打开\$HOME/.condarc可以查看到结果 〔lurui@bio ~〕cat ~/.condarc channels: -https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free ...
②其中,channel就是我们经常说道的镜像,那么bioconda其实就是代表镜像的含义。即:Bioconda是conda软件包管理器的一个镜像,专门从事生物信息学软件; ③conda可以给我们提供一个独立的环境,相当于python的virtualenv 通过推文,我了解到如果你正在学习或者使用Python,那么强烈建议你使用miniconda/anaconda而不是系统自带Python/pi...
主要是添加bioconda频道,方便生物软件安装。添加清华的一系列镜像,加速下载,提高成功率。默认仓库不仅速度极慢,而且经常中断,国内镜像下载速度可达国外几百倍。 conda config --add channels defaults conda config --add channels conda-forge conda config --add channels bioconda ...
国内镜像 如果我们离bioconda的服务器位移比较近,是不是下载速度就会变快,是的。这就是镜像的原理。有人已经将bioconda全部内容同步更新到国内服务器,我们只需要从国内服务器下载就行。目前可用的镜像有清华大学,北外以及同济大学。切换镜像也很容易。 conda config --addchannels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu....
4、添加国内镜像 目前国内清华大学以及北京外国语大学等也提供 biocodna 的镜像,可以将这些镜像添加进来,替换官方镜像。但目前 bioconda 官方镜像速度还可以,且国内镜像如果有多人访问时会造成拥堵,反而更慢了,具体使用看个人需求。 代码语言:javascript 复制 ...