Anaconda囊括了100多个常用的Python包,一键式安装,解决Python包安装的痛苦。但后来发现,其还有更多的功能,尤其是其增加了bioconda (https://bioconda.github.io/index.html)频道后,生物信息分析的1500多个软件都可以一键安装了,免去了编译时间浪费和解决库文件安装的问题。对于经常编译软件的人,这一点还不够有吸引力。
1.下载和安装miniconda bioconda的使用首先需要安装miniconda wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-4.3.21-Linux-x86_64.sh 下载完成后,在终端键入bash命令进行安装: bash Miniconda-latest-Linux-x86_64.sh 之后按照提示点击回车,输入要安装的位置,或者输入yes 输入yes后,还没有完成最后安装,还需要...
conda update conda 利用Bioconda安装生物信息软件,conda installfastqc(软件名); 安装完成后,可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置; conda默认安装软件的最新版本,如果想安装指定版本的某个软件,可以先用“conda search 软件名”搜索软件版本; 星号标记的表示是已经安装的版本。要安装其他版本,输入:conda inst...
首先我们看一下CRAN上的包,比如我们安装用于生存分析的survival包: 命令如下: 通过加载判断我们是否成功的安装上了这个工具包,即library一下即可(注意: 弹出的warning信息不用去管) 这个过程其实看起来很简单,只需要填充所需要的包的名字即可,实际上,install.packages的内置参数很多。 比如我们要安装指定版本的工具包,...
在上面给出的链接下载Anaconda或Conda对应版本的分发包之后,安装就是运行下面的命令,根据提示一步步操作,主要是修改安装路径 (如果是根用户,可以安装到/anaconda下,其它任意目录都可以,但路径短还是有好处的;普通用户安装到自己有权限的目录下) bash Miniconda2-latest-Linux-x86_64.sh ...
1、下载安装: wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh sh Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 一路yes source ~/.bashrc 2、添加软件源: bioconda 是官方版软件源,conda-forge 通道是社区版 conda config--addchannels bioconda ...
Bioconda是Conda的一个channel,Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统,用于安装多个版本的软件包及其依赖关系,并在它们之间轻松切换。而BioConda是Conda专门为生信开的一条通道,里面有非常多的软件,可以直接安装。 Bioconda需要先安装Miniconda,Miniconda 是一个 Anaconda 的轻量级替代,默认只包含了 python 和 co...
Conda 是一个流行的包、依赖和环境管理器,用于安装、运行和升级包及其依赖项。而 Bioconda 是一个为生物信息学设计的 Conda 频道,提供了大量生物信息学相关的软件包。以下是如何在 Conda 中安装 Bioconda 的详细步骤: 1. 确认系统中已安装 Conda 首先,确保您的系统中已经安装了 Conda。您可以在终端中运行以下命令...
Bioconda是一个自动化管理生物信息软件的工具,就像APPstore、360软件管家一样。Bioconda的优点是安装软件简单方便,各个软件依赖的环境一同打包且相互隔离,非常适合在服务器中建立自己的生物信息分析环境。 下载和安装Bioconda bioconda的使用首先需要安装Anaconda,在官网选择对应版本后下载: ...
conda install <package name> # 安装软件包 conda install numpy=1.7.2 # 安装特定版本的软件包 conda remove <package name> # 移除软件包 1. 2. 3. 安装R # 具体见下面 conda install -c r r-essentials # 安装R,及80多个常用的数据分析包, 包括idplyr, shiny, ggplot2, tidyr, caret 和 nnet ...