反向过滤 ( https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#expressions ) bcftools view -e ‘CHROM~”M” || CHROM~”_” || QUAL<30 || MAX(FMT/GQ)<20 || MAX(FMT/DP)<8 || AVG(FMT/DP)<5 || (COUNT(FMT/GT="het")>10 && MAX(FMT/AD[*:1]/FMT/DP[*])<0.2) || MAX(FMT/...
1. 查看 VCF/BCF 文件信息 bcftools view 命令可以用于查看 VCF/BCF 文件的信息,如查看文件头信息: bcftools view -h file.vcf 查看文件中的 SNP 和 Indel 信息: bcftools view -v snps file.vcfbcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如...
基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelic sites)以及次等位基因频率大于0.05的位点: bcftools view --types snps -m 2 -M 2 -q 0.05:minor genotypes.chr22.vcf | bgzip -c > genotypes.chr22.vcf.gz --types snps -m 2 -M 2 指的是保留双等位基因(biallelic sites); 0.05:minor 指的是次等位基因...
数据处理类命令以view为核心,支持VCF/BCF格式的互转、区域提取、样本筛选等基础操作。filter命令提供基于表达式的高级过滤功能,比如QUAL值阈值设定、深度过滤、基因型缺失处理,这些功能在质量控制环节尤为关键。merge命令实现多文件合并,在整合不同批次或不同实验数据时必不可少。 变异检测模块以mpileup为核心算法,通过...
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,基因型类型等等条件进行过滤,详细的参数可以参考软件的帮助文档,这里只做一个基本示例 AI检测代码解析 bcftools view view.vcf.gz -k -o known.vcf 1. -k参数表示筛选已知的突变位点,即ID那一列值不是...
还可以过滤突变位点过滤的条件非常多可以根据突变位点的类型基因型类型等等条件进行过滤详细的参数可以参考软件的帮助文档这里只做一个基本示例 bcftools 学习笔记(一) 本篇主要介绍 index, view, query, sort, reheader 这五个命令。 1. index index 命令用于对 VCF 文件建立索引,要求输入的 VCF 文件必须 是使用 ...
还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,基因型类型等等条件进行过滤,详细的参数可以参考软件的帮助文档,这里只做一个基本示例 bcftools view view.vcf.gz -k -o known.vcf -k参数表示筛选已知的突变位点,即ID那一列值不是.的突变位点。
例如,`filter`命令可以根据预定义的过滤条件,筛选出特定类型的变异位点;`convert`命令可以将VCF文件转换为其他格式,如BAM、BED和GFF等;`stats`命令可以统计VCF文件中的变异位点数量和分布情况;`view`命令可以对VCF文件进行可视化展示。 在遗传学研究中,bcftools注释的应用非常广泛。例如,研究人员可以使用bcftools注释来...
对数据进行过滤 代码语言:javascript 代码运行次数:0 运行 AI代码解释 ~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view-e'GT[*]="mis"'chr1.vcf.gz>chr1.nomissing.vcf~/biotools/software.package/bcftools-1.17/bcftools view-e'GT[*]="het"'chr1.nomissing.vcf>chr1.nomissing.nohet.vcf~/biot...