bcftools view 命令可以用于查看 VCF/BCF 文件的信息,如查看文件头信息: bcftools view -h file.vcf 查看文件中的 SNP 和 Indel 信息: bcftools view -v snps file.vcf bcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如过滤掉 quality 值低于 20 ...
生信软件14 - bcftools提取和注释VCF文件关键信息 bcftools可用于变异信息的描述性统计,计算,过滤和格式转换。 1. 显示VCF文件的头信息 bcftools view -h sample.vcf##fileformat=VCFv4.2##FILTER=<ID=PASS,Description="All filters passed">##bcftoolsVersion=1.5+htslib-1.5##bcftoolsCommand=mpileup -f /...
1. 查看 VCF/BCF 文件信息 bcftools view 命令可以用于查看 VCF/BCF 文件的信息,如查看文件头信息: bcftools view -h file.vcf 查看文件中的 SNP 和 Indel 信息: bcftools view -v snps file.vcfbcftools view -v indels file.vcf 2. 过滤 SNP 和 Indel bcftools filter 命令可以用于过滤 SNP 和 Indel,如...
反向过滤 ( https://samtools.github.io/bcftools/bcftools.html#expressions ) bcftools view -e ‘CHROM~”M” || CHROM~”_” || QUAL<30 || MAX(FMT/GQ)<20 || MAX(FMT/DP)<8 || AVG(FMT/DP)<5 || (COUNT(FMT/GT="het")>10 && MAX(FMT/AD[*:1]/FMT/DP[*])<0.2) || MAX(FMT/...
使用bcftools 进行基因型过滤(genotypes QC),基因型过滤标准:保留双等位基因(biallelicsites)以及次等位基因频率大于0.05的位点:bcftoolsview--typessnps-m2-M2-q0.05:minorgenotypes.chr22.vcf|bgzip-c>genotypes.chr2...
$ samtools view -bF 4 abc.bam > abc.F.bam 提取paired reads中两条reads都比对到参考序列上的比对结果,只需要把两个4+8的值12作为过滤参数即可 $ samtools view -bF 12 abc.bam > abc.F12.bam 提取没有比对到参考序列上的比对结果 $ samtools view -bf 4 abc.bam > abc.f.bam ...
还可以过滤突变位点,过滤的条件非常多,可以根据突变位点的类型,基因型类型等等条件进行过滤,详细的参数可以参考软件的帮助文档,这里只做一个基本示例 bcftools view view.vcf.gz -k -o known.vcf 1. -k参数表示筛选已知的突变位点,即ID那一列值不是.的突变...
过滤变异:bcftools可以根据不同的标准过滤VCF/BCF文件中的变异。您可以根据质量分数、深度、基因型质量等参数来过滤变异。 合并文件:如果您有多个VCF/BCF文件,bcftools可以帮助您将它们合并成一个文件,以进行后续的分析。 统计信息:使用bcftools可以生成有关变异的统计信息,例如不同变异类型的计数、变异频率等。
bcftools 是一个用于操作和处理 VCF/BCF 文件的软件工具集。它是 samtools 工具集的一部分,用于对比对后的 BAM 文件进行 SNP 和 Indel 的检测。bcftools 可...
还可以过滤突变位点过滤的条件非常多可以根据突变位点的类型基因型类型等等条件进行过滤详细的参数可以参考软件的帮助文档这里只做一个基本示例 bcftools 学习笔记(一) 本篇主要介绍 index, view, query, sort, reheader 这五个命令。 1. index index 命令用于对 VCF 文件建立索引,要求输入的 VCF 文件必须 是使用 ...