该命令要求输入文件必须是经过bgzip压缩的文件, 而且还需要有.tbi的索引。 4. isec isec用于在多个VCF文件之间取交集,差集,并集等操作,经典的应用场景是对多种软件的SNP calling 结果进行venn 分析。用法如下 bcftools isec A.vcf.gz B.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. st...
bcftools isec /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.raw.QCflt.vcf.gz /bi/8.xuxiong/work/WES/CYP21A2_CYP21A1P_SMN1_SMN2_HBA1_HBA2_diff.vcf.gz -n =2 -w 1 -Oz -o /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp.homologous.vcf.gz ; tabix -fp vcf /bi/8.xuxiong/EQA2022/20221019/All.sp....
bcftools query -f '%CHROM\t%POS\t%REF\t%ALT[\t%SAMPLE=%GT]\n' view.vcf.gz -f参数通过一个表达式来指定输出格式,其中变量的写法如下 %CHROM 代表VCF文件中染色体那一列,其他的列,比如POS, ID, REF, ALT, QUAL, FILTER也是类似的写法 [] 对于FORMAT字段的信息,必须要中括号括起来 %SAMPLE 代表样...
bcftools cnv -o cnv/ test.vcf.gz 5. bcftools isec 求变异的交集、并集 # 求交集 bcftools isec -p dir A.vcf.gz B.vcf.gz # 并集 bcftools isec -p dir -n=2 -w1 A.vcf.gz B.vcf.gz # 差集 bcftools isec -p dir -n-1 -c all A.vcf.gz B.vcf.gz dir:输出文件夹 -c:选择变异类型...
The program now accepts both data file name and the index file name. This adds to user convenience when running index statistics (-n, -s) bcftools isec: Always generate sites.txt with isec -p (#1462) bcftools +mendelian: Consider only complete trios, do not crash on sample name typos (...
Pysam is a Python package for reading, manipulating, and writing genomics data such as SAM/BAM/CRAM and VCF/BCF files. It's a lightweight wrapper of the HTSlib API, the same one that powers samtools, bcftools, and tabix. - pysam/bcftools/vcfisec.c at 6b4
4、bcftools isec 计算不同vcf之间的突变的交集 这里假设有3个文件,分别是 Breast_1.vcf.gz, Breast_2.vcf.gz和 Breast_3.vcf.gz,我们想知道每一个突变在这3个样本中是否出现 #-n+1:在3个样本中至少出现一次突变的样本 bcftools isec -n+1 -c all -p merge Breast_1.vcf.gz Breast_2.vcf.gz Brea...
$ bcftools isec a.vcf.gz b.vcf.gz-p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息。比如,突变个数、突变类型的个数、转换颠换个数、测序深度、Indel长度。还可以利用plot-vcfstats进行可视化处理。用法如下 ...
$ bcftools isec a.vcf.gz b.vcf.gz -p dir 默认参数就是取交集,更多高级用法请参考帮助文档。 5. stats stats命令用于统计VCF文件的基本信息。比如,突变个数、突变类型的个数、转换颠换个数、测序深度、Indel长度。还可以利用plot-vcfstats进行可视化处理。用法如下 ...
isec intersections of VCF/BCF files merge merge VCF/BCF files files from non-overlapping sample sets norm left-align and normalize indels plugin user-defined plugins query transform VCF/BCF into user-defined formats reheader modify VCF/BCF header, change sample names ...