BBMap/BBTools是一种用于DNA和RNA测序reads的拼接感知全局的比对工具。它可以处理的reads包括,Illumina,454,Sanger,Ion Torrent,Pac Bio和Nanopore。 BBMap快速且极其准确,特别是对于高度突变的基因组或长插入读数,甚至超过100kbp长的全基因缺失。它对基因组大小或contigs数量没有上限。并且已经成功地用于绘制到具有超过2...
该软件包包括BBMap,短读对齐器以及其他各种生物信息学工具。 它是用纯Java编写的,可以在任何平台上运行,除了要安装的Java(针对Java 6及更高版本编译)以外,没有其他依赖项。 所有工具都是高效和多线程的。 BBMap:用于DNA和RNA序列数据的短读比对仪。 能够处理具有数百万个支架的任意大基因组。 处理Illumina,PacBio...
while replacing"myrecipe"with eithernameif aname|lowervariable is defined in your recipe or with the lowercase name of the package in quotes. Note that the@BiocondaBot please mergecommand is now depreciated. Please just squash and merge instead. Docker image(s) built:...
BBMap suite - Simulation of data (数据模拟) 除了之前介绍的工具,BBMap还可以用来, 从参考基因组产生随机合reads。reads的名称表示其基因组来源。并可以允许准确定的insert size和合成突变的类型,大小和速率等具体内容。 Illumina和PacBio类型的reads都可以使用randomreads这个小工具来生成。 您可以指定PE 的reads,ins...
Add a description, image, and links to thebbmaptopic page so that developers can more easily learn about it. Add this topic to your repo To associate your repository with thebbmaptopic, visit your repo's landing page and select "manage topics."...
蒙面地圖龜Barbour's Map turtle 學名Graptemysbarbouri 原產 地美國喬治亞州,阿拉巴馬州與佛羅里達州 棲息環境河流沼澤地帶 體 長背甲11-25公分 適 溫攝氏20-26度 野生蒙面地圖龜背上滿佈青苔 多數蒙面地圖龜頭部上方都有Y字型花紋 背甲上也有圓形圖案 ...
1)建立索引:bbmap.sh ref = contigs.fa 2)构建索引信息到当前目录:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam 3)同时构建map和index:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa 4)在内存构建索引:bbmap.sh in = reads.fq out = mapped.sam ref = ref.fa nodisk ...
bbmap_39.08+dfsg-1_all NAME bbmap - Fast and accurate splice-aware read aligner. SYNOPSIS To index:bbmap.shref=<reference fasta> To map:bbmap.shin=<reads> out= To map without writing an index:bbmap.shref=<reference fasta> in=<reads> out= nodisk OPTIONS in=stdin will accept...
BBTools是用于DNA和RNA测序reads的比对工具,大多数…
kali-pool-main-b-bbmap安装包是阿里云官方提供的开源镜像免费下载服务,每天下载量过亿,阿里巴巴开源镜像站为包含kali-pool-main-b-bbmap安装包的几百个操作系统镜像和依赖包镜像进行免费CDN加速,更新频率高、稳定安全。