这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用repair.sh来修复'损坏的'reads配对并重新同步PE reads 以生成“固定”reads文件。repair.sh的输出是交错的PE的reads(read1_R1,read1_R2,read2_R1,read2_R2等)。 “破碎”的reads将被存储于A1.bad...
repair.sh的输出是交错的PE的reads(read1_R1,read1_R2,read2_R1,read2_R2等)。 “破碎”的reads将被存储于A1.bad.fastq中: repair.sh in1=A1.1.fastq in2=A1.2.bad.fastqout=A1_fixed.fastq outsingle=A1.bad.fastq 我们现在可以通过reformat.sh这个工具,将固定reads文件A1_fixed.fastq拆分为单独的R1...
使用BBMap工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子：首先，人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。这样子，就会产生一组不对称的双末端fastq file，一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用 repair.sh 来修复'损坏的'reads配对并重新...
reformat.shin=all.samout=unmapped.fq.gz unmappedonly repair.shin=unmapped.fq.gzout=r1.fq.gz out2=r2.fq.gz outs=singleton.fq 删除重复的序列数据集 从一组文件中删除重复的读取/序列。 类似picard tool的Markduplicates的功能。 dedupe.sh in=<fileorstdin>out=<fileorstdout> 在运行完成后,还会生成一...
Add asection like this: build: while replacing"myrecipe"with eithernameif aname|lowervariable is defined in your recipe or with the lowercase name of the package in quotes. Bot commands for PR management
repair.sh replaceheaders.sh representative.sh rqcfilter.sh rqcfilter2.sh runhmm.sh samtoroc.sh seal.sh sendsketch.sh shred.sh shrinkaccession.sh shuffle.sh shuffle2.sh sketch.sh sketchblacklist.sh sketchblacklist2.sh sortbyname.sh
BBTools套件包含如下工具: BBDuk BBMap BBMask BBMerge BBNorm CalcUniqueness Clumpify Dedupe Reformat Repair Seal Split Nextera Statistics Tadpole Taxonomy 安装BBTools: # 下载地址:https://sourceforge.net/projects/bbmap/ # 下载完成后解压 cd (installation parent folder) ...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fas...
使用 BBMap 工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE 文 件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的 fastq 双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fast q 这样子,就会产生一组不对称的双末端 fastq file...
BBMap repair 配对末端(PE)序列是一种非常有用的工具,可提供有关被测序片段的空间信息。 PE的默认输出将读取对(指定为R1和R2)放在两个单独的文件中。当您扫描这些文件是否存在adapter序列和其他污染物时(相当于trimming,做质控的时候),建议将PE数据文件一起处理。 PE识别修剪/扫描程序使两个reads文件的reads顺序保...