这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用repair.sh来修复'损坏的'reads配对并重新同步PE reads 以生成“固定”reads文件。repair.sh的输出是交错的PE的reads(read1_R1,read1_R2,read2_R1,read2_R2等)。 “破碎”的reads将被存储于A1.bad...
repair.sh的输出是交错的PE的reads(read1_R1,read1_R2,read2_R1,read2_R2等)。 “破碎”的reads将被存储于A1.bad.fastq中: repair.sh in1=A1.1.fastq in2=A1.2.bad.fastqout=A1_fixed.fastq outsingle=A1.bad.fastq 我们现在可以通过reformat.sh这个工具,将固定reads文件A1_fixed.fastq拆分为单独的R1...
使用BBMap工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子:首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用 repair.sh 来修复'损坏的'reads配对并重新...
reformat.shin=all.samout=unmapped.fq.gz unmappedonly repair.shin=unmapped.fq.gzout=r1.fq.gz out2=r2.fq.gz outs=singleton.fq 删除重复的序列数据集 从一组文件中删除重复的读取/序列。 类似picard tool的Markduplicates的功能。 dedupe.shin=<fileorstdin>out=<fileorstdout> 在运行完成后,还会生成一组...
If this PR adds or updates a recipe, use "Add" or "Update" appropriately as the first word in its title. New recipes not directly relevant to the biological sciences need to be submitted to theconda-forge channelinstead of Bioconda. ...
BBTools套件包含如下工具: BBDuk BBMap BBMask BBMerge BBNorm CalcUniqueness Clumpify Dedupe Reformat Repair Seal Split Nextera Statistics Tadpole Taxonomy 安装BBTools: # 下载地址:https://sourceforge.net/projects/bbmap/ # 下载完成后解压 cd (installation parent folder) ...
repair.sh replaceheaders.sh representative.sh rqcfilter.sh rqcfilter2.sh runhmm.sh samtoroc.sh seal.sh sendsketch.sh shred.sh shrinkaccession.sh shuffle.sh shuffle2.sh sketch.sh sketchblacklist.sh sketchblacklist2.sh sortbyname.sh
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fas...
使用 BBMap 工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE 文 件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的 fastq 双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fast q 这样子,就会产生一组不对称的双末端 fastq file...
repair.shin=unmapped.fq.gzout=r1.fq.gz out2=r2.fq.gz outs=singleton.fq 删除重复的序列数据集 从一组文件中删除重复的读取/序列。 类似picard tool的Markduplicates的功能。 dedupe.sh in=<fileorstdin>out=<fileorstdout> 在运行完成后,还会生成一组全面的统计信息。它们通常被写入\但可以很容易地捕获到...