conda install -y bbmap 当然如果你不会使用conda,也没问题,直接去到bbmap的网站下载解压就好 ##下载wget https://excellmedia.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.16.tar.gz##解压tar-xvfzBBMap_38.16.tar.gz 注意:BBMap(和所有相关工具)shellcripts将尝试自动检测内存,但可能会失败(导致jvm无法启动或内...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用reformat.shin=A1.2.fastqsamplerate=0.9out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq 另...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.shin=A1.2.fastq samplerate=0.9out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fastq ...
然后我们将使用它作为宏基因组生成的输入,然后使用reformat.sh将读取分成两个文件。 randomreads.shref=metag.faout=stdout length=300paired=t mininsert=100maxinsert=400reads=5000000metagenome=t coverage=3| reformat.shin=stdin out1=metag_R1.fq.gz out2=metag_R2.fq.gz interleaved addslash 重新格式化...
使用BBMap工具中的repair.sh可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fastq 这样子,就会产生一组不对称的双末端fastq file,一个是A1.1.fas...
使用 BBMap 工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE 文 件。这是一个举例说明的例子: 首先,人为先创造出一个不配对的 fastq 双末端的文件。 #下次会继续详细介绍这个工具,这里先使用 reformat.sh in=A1.2.fastq samplerate=0.9 out=A1.2.bad.fast q 这样子,就会产生一组不对称的双末端 fastq file...
使用BBMap工具中的 repair.sh 可以“重新同步保持一致”PE文件。这是一个举例说明的例子：首先，人为先创造出一个不配对的fastq双末端的文件。这样子，就会产生一组不对称的双末端fastq file，一个是A1.1.fastq 另一个是A1.2.bad.fastq 接下来我们准备用 repair.sh 来修复'损坏的'reads配对并重新...
下载地址:https://sourceforge.net/projects/bbmap/ 二、使用 BBTools程序接受经过gzip压缩的fastq文件,并能够以多种数据格式写入输出。同时支持以fq 或者 fastq结尾的测序文件。 2.1 统计序列 stats (stats.sh) 用于统计reads或者assembly基本的信息,例如 scaffold count, N50, L50, GC content, gap percent。
BBMap suite - Simulation of data (数据模拟) 除了之前介绍的工具,BBMap还可以用来, 从参考基因组产生随机合reads。reads的名称表示其基因组来源。并可以允许准确定的insert size和合成突变的类型,大小和速率等具体内容。 Illumina和PacBio类型的reads都可以使用randomreads这个小工具来生成。