conda 大法好,简单一个command帮你搞定安装,如果你还不知道什么是conda,可以先阅读一下大神的博客 (http://www.bio-info-trainee.com/1906.html),如果你还是没有弄懂,或者你想了解更多关于文件安装之类的话题,那么我强力推荐你去观看由我们大号生信技能树所推出的一个课程: conda install -y bbmap 当然如果你不...
Conda is able to record and lock (a.k.a. pin) dependency versions used at build time of other recipes. This way, one can avoid that expectations of a downstream recipe with regards to API, ABI, or CLI are violated by later changes in the recipe. If not already present in the meta....
conda install entrez-direct # 数据下载,获得来自NCBI的三种细菌基因组的fasta格式化序列。 efetch-db nucleotide-id NC_003454-format fasta>NC_003454.fa efetch-db nucleotide-id NC_010468-format fasta>NC_010468.fa efetch-db nucleotide-id NC_013520-format fasta>NC_013520.fa # 下载细菌的reads wget ...
condainstallentrez-direct # 数据下载,获得来自NCBI的三种细菌基因组的fasta格式化序列。 efetch -db nucleotide -idNC_003454 -formatfasta > NC_003454.fa efetch -db nucleotide -idNC_010468 -formatfasta > NC_010468.fa efetch -db nucleotide -idNC_013520 -formatfasta > NC_013520.fa # 下载细菌的r...
- conda-forge - bioconda - defaults dependencies: - bioconda::bbmap=39.01 71 changes: 71 additions & 0 deletions 71 modules/nf-core/bbmap/filterbyname/main.nf Original file line numberDiff line numberDiff line change @@ -0,0 +1,71 @@ process BBMAP_FILTERBYNAME { tag "$meta.id" label...
例如,basename = o%_#。fq 将生成 ox_1.fq, ox_2.fq,oy_1.fq 和 oy_2.fq。 我们现在将通过一个简单的例子来使用下面的 bbsplit。 #工具下载 conda install entrez-direct # 数据下载,获得来自 NCBI 的三种细菌基因组的 fasta 格式化序 列。 efetch -db nucleotide -id NC_003454 format fasta > ...
conda install -y bbmap 方法二: ##下载 wget https://excellmedia.dl.sourceforge.net/project/bbmap/BBMap_38.16.tar.gz ##解压 tar -xvfz BBMap_38.16.tar.gz 注意:BBMap(和所有相关工具)shellcripts将尝试自动检测内存,但可能会失败(导致jvm无法启动或内存不足),具体取决于系统配置。这可以通过将-XmxNNg...
conda install entrez-direct # 数据下载,获得来自NCBI的三种细菌基因组的fasta格式化序列。 efetch -db nucleotide -id NC_003454 -format fasta > NC_003454.fa efetch -db nucleotide -id NC_010468 -format fasta > NC_010468.fa efetch -db nucleotide -id NC_013520 -format fasta > NC_013520.fa #...