利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图 (0)踩踩(0) 所需:7积分 vue2-components 2025-01-07 00:01:00 积分:1 ext-lcd1602RGB模块 2025-01-07 00:00:18 积分:1 cocos-awesome-tech-solutions 2025-01-06 23:55:38
很久以前写过一个文章记录分子对接的步骤(使用Autodock进行分子对接的步骤)。但是当时用的是 Autodock 4.2.6 程序,使用起来比较繁琐,不如 Autodock vina 更加方便。由于接触到 vina 是后来的事了,它的操作步骤也就一直鸽着没有写。正巧今天上午 师姐问我分子对接的做法,于是索性直接把 vina 的操作步骤记录下来,权...
这个视频主要介绍了Autodock Vina 对接结果分析,以及怎么生成复合物的PDB文件。用到的软件有Autodock Tools, Pymol, UCSF Chimera, vina_split。, 视频播放量 39781、弹幕量 22、点赞数 577、投硬币枚数 442、收藏人数 1142、转发人数 221, 视频作者 钰沐菡-YuMuhan, 作者
2对接完整步骤 15:05 3用一条代码运行Vina 02:40 4用PYMOL把蛋白和小分子输出为复合物 05:05 5Vina和Autodock的不同点 04:08 6仔细检查是否生成氢键 03:03 7用PYMOL计算配体RMSD 05:26 8同一小分子对接不同蛋白可批量计算RMSD 03:00 9用PYMOL给其他作用力换个颜色显示 08:40 10Exhaustiveness推荐值10 ...
输入“vina--config 6njs.conf”,回车,即可执行分子对接计算。 等待计算完成,一共得到10个模型结果,包括对接结合能分数,RMSD值,我们可以看到有多个结果的RMSD都小于2埃,说明本次分子对接结果还是比较可靠的。 对接结果分析在6NJS文件夹中,也多出了一个KQV701_out.pdbqt文件,该文件即为本次对接计算的结果输出文件...
首选看这个,可以跟着手操一波小分子的下载和软件的使用(主要录制的比较好) 【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili 但是接着就要看这个(上面那个不是很全),这个大佬最详细(蛋白的处理看这个) 小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili 基础知识:比如为何需要pdbqt...
Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~ 是老师,也是UP主! 知识 校园学习 生物 蛋白 配体 AutoDock Vina 构象 分子对接 Sybyl autodock 受体结构 新手老师进化论...
4 Autodock Vina对接操作与对接结果解读 Grid-macromolecule-open-蛋白的pdbqt文件-打开-yes 导入小分子 Grid-set map types-open ligands-小分子pdbqt image.png 4.1 设置对接box Grid-grid box image.png 通过拖曳,让盒子全部覆盖住受体 然后哪个角度都看不到盒子外的蛋白,就可以了 包裹住后,要把盒子里的小分子...
分子模拟||AutoDock Vina对接结果初步详细分析 【摘要】AutoDock是一款开源的分子模拟软件,为科研工作者研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用,提供了极大的便利。 AutoDock是一款开源的分子模拟软件,为科研工作者研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用,提供了极大的便利。与Auto...
对于半柔性对接，首先确定活性位点附近的柔性可变氨基酸，通过ViewerPro软件筛选并提取。然后，将柔性氨基酸和刚性部分分别保存为pdbqt格式。再次运行vina.exe，通过命令行输入相关参数，包括刚性受体、柔性部分、配体等，进行对接。结果同样为pdbqt格式，使用PMV软件查看，结合能最小的结果为最优解。通过以上步骤...