打开小分子,以同样的步骤对其进行加氢,选择Ligand-input-choose-select molecula for autodock4,选择Ligand-output将其保存为pdbqt文件(图2)。 图2 Autodock蛋白、小分子加氢处理 3) 设置对接盒子 导入蛋白及小分子:选择grid-macromolecule-open打开上一步保存的蛋白pdbqt文件,弹出的窗口点击YES。选择grid-set map typ...
使用AutoDock进行分子对接,要配合使用其他软件工具进行预处理和结果可视化。基本思路是先对蛋白和小分子进行预处理,去水加氢,因为他们会影响对接时相互作用的计算。然后设置对接口袋和对接参数,AutoDock是半柔性对接,即蛋白分子是刚性的,固定不动,小分子有一定结构柔性且在对接时会环绕蛋白分子寻找结合区域。保存设置好的...
用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 ,不属于本教程的范围。下面将采用AutoDock进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性,对接配体小分子设为柔性),Windows 7系统,希望对分子对接的入门者有所帮助。 本教程采用蛋白酶1YT9的晶体结构作为分子对接的受体,结构中的配体IOS作为对接的配体分子。1、从蛋白质数据库中下载...
---以下就是vina来做对接--- 17:00-18:10:导入处理好的蛋白和配体,设置对接盒子,输出config.txt。 18:10-20:30:vina对接并分析结果,保存pdb文件。 ---以下就是autodock结果来可视化--- 20:30-31:30:显示氢键长度,显示氨基酸残基名称。
1、软件下载：获取并安装AutoDock Vina。2、蛋白及小分子准备：提取纯净蛋白单体结构。3、分子对接：设置对接盒子，选择小分子进行对接，保存对接盒子为gpf文件。4、运行对接盒子：使用autogrid工具进行预处理，然后运行对接。5、设置对接参数：使用LamarkianGA参数进行对接。6、对接结果分析：使用AutoDock软件...
使用AutoDock工具打开结果文件，查看RMSD和氢键信息，导出pdbqt格式的结构文件至PyMOL进行深入分析。最终，可以在PyMOL中展示蛋白质与小分子的结合结构和结合域，为后续研究提供直观的可视化结果。通过以上详细步骤，希望读者能掌握AutoDock蛋白-分子对接的实操技巧，如果有更多问题，敬请关注后续的科研分享。
1.分子对接基础1.1分子对接原理及对接软件介绍2. 分子对接软件(Autodock或薛定谔) 使用2.1半柔性对接2.1.1 小分子配体优化准备2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备2.1.3 蛋白受体格点计算2.1.4 半柔性对接计算2.2对接结果评价2.2.1 晶体结构构象进行对比2.2.2 能量角度评价对接结果2.2.3 聚类分析评价对接结果2.2.4 ...
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物的方法;近年来,计算机辅助药物设计已经取得一定成就,特别是在新冠肺炎爆发后,很多研究机构和企业采用计算机辅助药物设计方法辅助进行了很多研究工作。在新型冠状病毒的治疗方案中,通过同源建模方法发布了新冠病毒的三维结构,...
蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接 1.设置Docking的参数文件 (1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename” →找到test工作文件夹→打开“ad_protein.pdbqt”。 (2)选定小分子:点击“Docking”→点击“Ligand”→点击“Open”→找到test工 ...