打开小分子,以同样的步骤对其进行加氢,选择Ligand-input-choose-select molecula for autodock4,选择Ligand-output将其保存为pdbqt文件(图2)。 图2 Autodock蛋白、小分子加氢处理 3) 设置对接盒子 导入蛋白及小分子:选择grid-macromolecule-open打开上一步保存的蛋白pdbqt文件,弹出的窗口点击YES。选择grid-set map typ...
打开小分子,以同样的步骤对其进行加氢,选择Ligand-input-choose-select molecula for autodock4,选择Ligand-output将其保存为pdbqt文件(图2)。 图2 Autodock蛋白、小分子加氢处理 3) 设置对接盒子 导入蛋白及小分子:选择grid-macromolecule-open打开上一步保存的蛋白pdbqt文件,弹出的窗口点击YES。选择grid-set map typ...
Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 4890、弹幕量 2、点赞数 115、投硬币枚数 44、收藏人数 343、转发人数 34, 视频作
使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2007、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 28、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:用AutoDockTools为AutoDock Vina 分子对接
2. 分子对接软件(Autodock或薛定谔) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象进行对比 2.2.2 能量角度评价对接结果 2.2.3 聚类分析评价对接结果 2.2.4 最优结合构象的选择 2.2.5 ...
于举办“计算机辅助药物设计技术与应用”线上专题培训的通知 各有关单位:计算机辅助药物设计是通过计算机模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的关系,设计和优化先导化合物的方法;近年来,计算机辅助药物设…
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
使用AutoDock工具打开结果文件，查看RMSD和氢键信息，导出pdbqt格式的结构文件至PyMOL进行深入分析。最终，可以在PyMOL中展示蛋白质与小分子的结合结构和结合域，为后续研究提供直观的可视化结果。通过以上详细步骤，希望读者能掌握AutoDock蛋白-分子对接的实操技巧，如果有更多问题，敬请关注后续的科研分享。
对接分子autodock蛋白质点击bioinfo 山东大学生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo《生物信息学》第五章:蛋白质结构预测与分析(第三部分)蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接1.设置Docking的参数文件(1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename”→找到test工...
本节以Autodock(http://autodock.scripps.edu)这款免费对接软件为例,来演示蛋白质和小分子对接的过程。一、Autodock软件及相关软件的下载1.登陆Autodock软件官网,点击右侧“Download”链接。山东大学生物信息学课题组荣誉出品http://.crc.sdu.edu/bioinfo2.点击“AutoDock4.2”之后的“proceedtodownload”,选择适合...