打开小分子,以同样的步骤对其进行加氢,选择Ligand-input-choose-select molecula for autodock4,选择Ligand-output将其保存为pdbqt文件(图2)。 图2 Autodock蛋白、小分子加氢处理 3) 设置对接盒子 导入蛋白及小分子:选择grid-macromolecule-open打开上一步保存的蛋白pdbqt
图2 Autodock蛋白、小分子加氢处理 3) 设置对接盒子 导入蛋白及小分子:选择grid-macromolecule-open打开上一步保存的蛋白pdbqt文件,弹出的窗口点击YES。选择grid-set map types-open ligand打开上一步保存的小分子pdbqt文件。 设置对接盒子:选择grid-grid box,在弹出的窗口中调节滚轮和spacing数值使盒子完全包裹住蛋白...
用AutoDock进行分子对接教程——半柔性对接 ,不属于本教程的范围。下面将采用AutoDock进行半柔性对接(对接受体蛋白设为刚性,对接配体小分子设为柔性),Windows 7系统,希望对分子对接的入门者有所帮助。 本教程采用蛋白酶1YT9的晶体结构作为分子对接的受体,结构中的配体IOS作为对接的配体分子。1、从蛋白质数据库中下载...
Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 5161、弹幕量 2、点赞数 118、投硬币枚数 44、收藏人数 348、转发人数 36, 视频作
2. 分子对接软件(Autodock和薛定谔) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象进行对比 2.2.2 能量角度评价对接结果 2.2.3 聚类分析评价对接结果 2.2.4 最优结合构象的选择 2.2.5 ...
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
1、软件下载：获取并安装AutoDock Vina。2、蛋白及小分子准备：提取纯净蛋白单体结构。3、分子对接：设置对接盒子，选择小分子进行对接，保存对接盒子为gpf文件。4、运行对接盒子：使用autogrid工具进行预处理，然后运行对接。5、设置对接参数：使用LamarkianGA参数进行对接。6、对接结果分析：使用AutoDock软件...
2. 分子对接软件(Autodock或薛定谔) 使用 2.1半柔性对接 2.1.1 小分子配体优化准备 2.1.2 蛋白受体优化及坐标文件准备 2.1.3 蛋白受体格点计算 2.1.4 半柔性对接计算 2.2对接结果评价 2.2.1 晶体结构构象进行对比 2.2.2 能量角度评价对接结果 2.2.3 聚类分析评价对接结果 2.2.4 最优结合构象的选择 2.2.5 ...
蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接 1.设置Docking的参数文件 (1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename” →找到test工作文件夹→打开“ad_protein.pdbqt”。 (2)选定小分子:点击“Docking”→点击“Ligand”→点击“Open”→找到test工 ...
请教一下各位前辈，拟用Vina进行分子对接，Autodock Tools准备蛋白成pdbqt文件时，"菜单栏Edit->Atoms->...