1安装 01:59 2对接完整步骤 15:05 3用一条代码运行Vina 02:40 4用PYMOL把蛋白和小分子输出为复合物 05:05 5Vina和Autodock的不同点 04:08 6仔细检查是否生成氢键 03:03 7用PYMOL计算配体RMSD 05:26 8同一小分子对接不同蛋白可批量计算RMSD 03:00 9用PYMOL给其他作用力换个颜色显示 08:40 10Exhaustiv...
1分子对接教程 今天利刃君就为大家带来使用AutoDock Vina进行分子对接的教程。本次教程以STAT3靶点的晶体结构与其原配体为例进行分子对接的详细步骤说明。 准备工作 蛋白晶体结构由PDB数据库(rcsb.org/)下载,PDB编号为6NJS。首先需要通过其他软件如Pymol、Glide、DS等去除蛋白中的水分子,删除多余的链,并把原配体分子...
[新版]AutoDock Vina分子对接小白1小时入门教程 Mr-Greyfun 12.6万316 05:41 e嘉医 | AutoDock 分子对接:【06】软件安装(二) e嘉医 04:13 e嘉医 | AutoDock 分子对接:【14】运行autodock e嘉医 2.7万12 31:38 Autodock 分子对接 [1] - 准备蛋白小分子3D结构pdbqt文件 ...
num_modes = 9 3. 分子对接 保证以下三个文件与受体、配体文件在同一文件夹下,输入以下命令进行分析。 Vina --config conf.txt Autodock Vina 结果计算完毕后,会生成不同的底物.pdb构象文件。 结果 4. 通过Autodock Tools将蛋白与小分子输出为复合物 选择Analyze-Dockings-Open AutoDock vina result,选择vina生...
通常情况下,我们需要分别下载Auto dock vina 和auto dock tools ,然后是使用tools 来准备蛋白质和小分子(多肽),比如删除水分子,添加电荷,定义对接盒子的位置和大小等,然后使用Auto dock vina 来运算,得到结果。 我将介绍auto dock vina 的使用方法,分两部分介绍,一是传统的安装方法,二是基于colab的方式。 本文为...
总目录 分子对接1:PyMOL进行可视化[https://www.jianshu.com/p/18b4d56dc516]分子对接2:Autodock Vina进行分子对接[h...
首先，从官网下载"AutoDock v4.2.6"和"autodock_vina_1_1_2_linux_x86.tgz"，然后在终端解压。接着，下载并安装MGLTools，最后在PyMOL中安装Autodock plugin。以CDK2（1E1X）的晶体结构为例，导入PyMOL，通过插件进行设置，如对接盒子的定义、受体和配体的准备，以及对接参数的配置。执行对接计算...
在MGLTools中打开ligand.pdb，获取相关信息，然后选择底物分子。将配体保存为包含原子信息的ligand.pdbqt文件，关闭MGLTools。再次打开MGLTools，用WT.pdb加载受体，保存为WT.pdbqt，同时设置对接区域（格点间距设为1）。编辑config.txt，保存盒子信息，确保Autodock vina路径已添加到环境变量。在工作目录下准备...
在计算机科学的支持下，AutoDock和AutoDock Vina成为常用的分子对接软件，PyMOL中的AutoDock插件提供直观的用户界面，简化了操作流程。首先，确保已安装ADT/AutoDockTools和AutoDock Vina。在Linux系统中，从指定链接下载AutoDock v4.2.6，解压后进入目录并用终端进行安装。下载AutoDock Vina的“autodock_...