利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图 后端 - Python$$**rl 上传1.59 KB 文件格式 py 分子对接 利用python实现Autodock Vina多对多分子对接结果筛选并绘制热图 点赞(0) 踩踩(0) 反馈 所需:7 积分 电信网络下载 go-fox-edge-common ...
Autodock 分子对接 [2] - 用Autodock Vina / QuickVina2 / QuickVina-W做对接 5267 -- 1:01 App vina批量分子对接—1 2.5万 5 5:04 App PYMOL可视化蛋白质-蛋白质分子对接 1.7万 1 5:42 App 【win11】Autodock-vina分子对接及结果解读 9760 1 35:52 App (分子对接篇)利用autodock vina 进行...
因为我使用的是不需要安装的vina,也就是GitHub下载的版本,这个版本又和视频之中的不一样,会少了一个log选项,所以你如果是按照视频之中的安装,那么分子对接的命令和我是不一致的,help一下命令,看看参数 AutoDock Vina v1.2.3 Input: --receptor arg rigid part of the receptor (PDBQT) --flex arg flexible ...
输入“vina--config 6njs.conf”,回车,即可执行分子对接计算。 等待计算完成,一共得到10个模型结果,包括对接结合能分数,RMSD值,我们可以看到有多个结果的RMSD都小于2埃,说明本次分子对接结果还是比较可靠的。 对接结果分析在6NJS文件夹中,也多出了一个KQV701_out.pdbqt文件,该文件即为本次对接计算的结果输出文件...
autodock vina 1.对接环境配置 在ubuntu中使用root权限安装在anaconda3 #进入root权限 sudo su #下载安装anaconda3,过程中均选yes。 wgethttps://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh sh Anaconda3-2020.11-Linux-x86_64.sh ...
要想用Autodock vina做分子对接(本质就是生物化学中的锁匙学说),得现有让这个软件能识别的蛋白和配体文件。 1 受体蛋白和小分子配体的准备(pdb格式) 1.1 PDB格式蛋白文件的获取 还是在PDB下载。 search后出现以下界面 PDB-EFGR 要下载哪一个?一看结构很多相似。图中框起来的都是重要的筛选标签。 image.png 确定...
基于AutoDock和PyMol的分子对接 阿狸小特工 05:50 吐血整理:分子对接(一)下载安装python pymol autodock open babel vina 想喝辣豆腐汤 利用Pymol绘制分子对接立体结构图 苦瓜师兄 分子对接Autodock出现一闪而过的情况 Amboan 12:27 分子对接pymol可视化教程 ...
1.载入对接结果 Analyze-Docking-Open AutDock vina result...载入对接结果,为方便观察,在弹出的对话框中选择载入模型的方式为“Single molecule with multiple conformations”,点击“确认”,可以看到窗口中能量最低的配体构象,通过键盘向右键,可以依次观察不同的对接结果; ...
分子模拟||AutoDock Vina对接结果初步详细分析 【摘要】AutoDock是一款开源的分子模拟软件,为科研工作者研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用,提供了极大的便利。 AutoDock是一款开源的分子模拟软件,为科研工作者研究生物大分子(蛋白质)与小分子(配体)复合物的相互作用,提供了极大的便利。与Auto...
rt,刚学习分子和蛋白质模拟对接不久。 在做的时候得到了结果但是不知道结合能够不够,不确定适不适合直接去做分子实验。 如果有了解的dalao不知道能不能不吝赐教,帮帮忙看一下。 或者是能不能告诉我一个大概的评判结果的标准。 谢谢! vina的结果如图 发自小木虫Android客户端...