Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 4890、弹幕量 2、点赞数 115、投硬币枚数 44、收藏人数 343、转发人数 34, 视频作
本教程以Autodock Vina 1.2.2安装包中自带的“BACE-1蛋白与HEA-大环抑制剂0LG的对接 (PDB ID: 4DPF)为例介绍” (具体路径:/your/pathway/AutoDock-Vina-1.2.2/example/docking_with_macrocycles/solution)。由于大环分子与蛋白的对接过程和一般分子的情况十分类似,因此我们只介绍采用ADFR suite和Meeko程序处理...
Open Terminals, cd 到我们的文件夹,注意,我因为比较懒,是直接把vina 软件自己也放到了我含有蛋白和小分子的文件夹(通常,你应该定义一个环境变量指向vina 位置) 在命令行,输入 ./vina –config config.txt –log log.txt 如上图,对接开始,1,2 为配体和蛋白的pdbqt文件,也就是对接的输入文件,3 是我们手动定...
6. 使用output.pdb 和Docked.pdb 在线制作2D蛋白配体互作 或者下载到本地,使用Pymol打开并合并保存后,上传到一些在线的网页工具如https://proteins.plus/生成二维或者三维的蛋白-小分子相互作用图像。 在更新版本的流程中我还包含了3D互作的运行命令,均可自动运行。 Autodock_vina_colab对接得到的结果 (7L10自我对...
$ conda activate vina $ conda install -c conda-forge numpy openbabel $ pip install meeko 操作步骤 本教程以Autodock Vina 1.2.2安装包中自带的例子“FDA认证的抗癌药物imatinib与c-Abl 蛋白进行对接(PDB ID: 1IEP)”作为介绍对象(具体路径:/your/pathway/AutoDock-Vina-1.2.2/example/basic_docking/solut...
AutoDock下载:https://autodock.scripps.edu/,需下载AutoDock Vina与AutoDock Tools。 Mgltools下载:http://mgltools.scripps.edu/downloads。 PyMOL下载:https://pymol.org/2/,学术版免费下载,对蛋白结构进行前处理及对接结果可视化。 OpenBabel下载:https://openbabel.org/wiki/Main_Page,将小分子结构文件转换...
1、蛋白准备 2、配体准备 3、生成亲和力图 4、运行AutoDock Vina 4.1 使用AutoDock4 力场 4.2 使用 Vina 力场 5、结果和后处理 在生理环境中,蛋白质和其他生物结构被水分子包围。当小分子与蛋白质结合时,它必须置换出占据结合腔的大部分水分子。然而,并不是所有的水分子都会被置换。一些水分子可能在不同但结...
vina --receptor 4mds.pdbqt --ligand m2.pdbqt --out out.pdbqt --log log.log --config conf.txt。如下图,下面详细解释: (1)1标注的那部份命令:cd c:\vina-swertia 进入到对接文件所有的文件夹中。 (2)“--”,即上面用红色标注出来的那部分,它的前面有一个空格(如:vina空格--receptor),它的后面...
---以下就是vina来做对接--- 17:00-18:10:导入处理好的蛋白和配体,设置对接盒子,输出config.txt。 18:10-20:30:vina对接并分析结果,保存pdb文件。 ---以下就是autodock结果来可视化--- 20:30-31:30:显示氢键长度,显示氨基酸残基名称。
【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili 但是接着就要看这个(上面那个不是很全),这个大佬最详细(蛋白的处理看这个) 小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili 基础知识:比如为何需要pdbqt格式 分子对接基础知识 - xiaojikuaipao - 博客园 (cnblogs.com) 安装的...