使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2086、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 30、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:
蛋白质-小分子分子对接:AutoDock对接 1.设置Docking的参数文件 (1)选定蛋白质分子:点击“Docking”→点击“Marcomolecule”→点击“SetRigidFilename” →找到test工作文件夹→打开“ad_protein.pdbqt”。 (2)选定小分子:点击“Docking”→点击“Ligand”→点击“Open”→找到test工 ...
不太完整版本-Autodockvina进行蛋白质和小分子对接 特大柚子皮 4104 2 15:30 F25.如何用Autodock 和 Vina软件分子对接,加氢、获取活性口袋,详细讲解【零基础,半天学会中药复方网络药理学与分子对接】 创业A计划 4159 4 02:29 autodock vine 分子对接(1)-软件下载 搞科研的颠公 825 2 ...
蛋白结构分析、Autodock分子对接、蛋白-蛋白相互作用预测、药效团虚拟筛选、构效关系预测分子活性、能量及相互作用分析(amber)、水溶性蛋白质、生物膜蛋白建模计算分析、GROMACS编译安装运行 胖嘟嘟咕噜噜 木白老师 Serendipity8 人赞同了该文章 如何获取靶点晶体结构信息、如何查看靶点药物相互作用、如何获取没有晶体结构的...
蛋白质-小分子分子对接：AutoDock预处理 在使用AutoDock做分子对接之前，首先应建立一个工作目录，以存放对接过程中所需要以及产生的文件。1.工作目录的建立 在D盘根目录下创建一个工作文件夹test（“D:\test\”）。从课程附件中下载对接需要的蛋白质分子和小分子的PDB文件：ad_protein.pdb和ad_ligand.pdb，存入...
1. AF2多体蛋白结构预测的关键问题与解决途径 1.1 多序列比对中序列拼接配对问题 1.2 模板匹配问题 2. 利用AF2做蛋白和多肽柔性对接 2.1蛋白质表面几何物理化学互补问题 2.3 多肽柔性/构象处理 3. 利用AF2做蛋白结构和序列新设计 3.1 trrosetta幻想设计
的仍然是蛋白质分子。 本节以Autodock(http://autodock.scripps.edu)这款免费对接软件为例,来演示蛋白质 和小分子对接的过程。 一、Autodock软件及相关软件的下载 1.登陆Autodock软件官网,点击右侧“Download”链接。 山东大学生物信息学课题组荣誉出品
通过比较这些不同菌种来源的 NDO 与 PAHs 的对接结果,寻找影响其相互作用的关键氨基酸。实验结论如下:通过同源模建 及模型评价,发现工具 Phyre2 获得的模型质量相对较好;使用 Autodock Tools(ADT) 将模型与 PAHs 进行对接后获得了不同来源 NDO 与 PAHs 相互作用的特征曲线,PAHs 环数的多少会显著影响 NDO 与 ...
交流下,autodock里面操作蛋白质分子对接,怎么会没显示dlg格式的文件呢 分子模拟 DS/Sybyl/Autodock 第2页 小木虫 论坛
分子对接确实是没有非极性氢原子的，使用原始蛋白pdb即可。小分子可以自动添加。发自小木虫IOS客户端 ...