LeDock专为快速准确地将小分子灵活对接到蛋白质而设计。它在Astex多样性集合上实现了大于90%的构象预测准确度。研究人员通过LeDock进行高通量虚拟筛选并发现了新的激酶抑制剂和结构域拮抗剂。 rDock http://rdock.sourceforge.net/ rDock是一种快速通用的开源对接程序,可用于小分子与蛋白质和核酸对接。它专为高通量虚...
生 物分子相互作用分析是利用最新的生物传感技术对二个或二个以上的生物分子间作用进行实时监测,可测定的生物分子包括蛋白质、 多肽、核酸、多糖、磷脂及小分子如信号传导物、药物等。分析物无需纯化或溶于水,可在粗抽提液及附着于磷脂囊、病毒、细菌或真核细胞表面得以测定,与操作 复杂、测量周期长传统检测技术...
这是蛋白结构没有处理好。百度搜索【小工具教程 处理PDB结构】和【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)】...
蛋白-蛋白对接 化学考立价具机制研究 开发这一程序的灵感源360百科于设计生物活性化合物中遇到的原本问题,特别是计算机辅助药物设计领域。生物大分子的 X-射线衍射技术的进步为我们提供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标,用于控制动植物的疾病,或者可以使人们简单的理解活性物质在生...
生物大分子的X-射线衍射技术的进步为我们提供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标,用于控制动植物的疾病,或者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相互作用是十分重要的。因此,我们的目标就是为科研工作者提供一个计算工具,...
生物大分子的 X-射线衍射技术的进步为我们提 供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标,用于控制动植物的疾病,或 者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相 互作用是十分重要的。因此,我们的目标就是为科研工作者提供一个...
不过，MGLTools只能分析很有限的氢键作用，建议楼主百度搜索【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(DOCK6)】计算...
分子对接软件(Autodock或薛定谔)使用2.1半柔性对接2.1.1小分子配体优化准备2.1.2蛋白受体优化及坐标文件准备2.1.3蛋白受体格点计算2.1.4半柔性对接计算2.2对接结果评价2.2.1晶体结构构象进行对比2.2.2能量角度评价对接结果2.2.3聚类分析评价对接结果2.2.4最优结合构象的选择2.2.5已知活性化合物对接结果比较图三:PDB1...
2.下载蛋白质(或者核酸,为了方便后面都称为蛋白质,核酸的处理方法也都一样),蛋白质从PDB库中下载 输入相应的蛋白质名称,点击搜索。通过自己的研究对象对结果进行一些筛选,选择自己需要的蛋白,点进去,点击下载文件 下载pdb格式的文件 3、接着,对小分子的格式进行转变,打开openbabel ...
在这些分子对接方法中,刚性对接适合考察比较大的体系, 比如蛋白质和蛋白质以及蛋白质和核酸之间的相互作用,他计算较为简单,原理也相对简单,主要 是考虑构象之间的契合程度。半柔性对接适合于处理小分子和大分子之间的对接。在对接过程中, 小分子的构象一般是可以变化的,但大分子则是刚性的。由于小分子相对较小,因此...