2.下载蛋白质(或者核酸,为了方便后面都称为蛋白质,核酸的处理方法也都一样),蛋白质从PDB库中下载 输入相应的蛋白质名称,点击搜索。通过自己的研究对象对结果进行一些筛选,选择自己需要的蛋白,点进去,点击下载文件 下载pdb格式的文件 3、接着,对小分子的格式进行转变,打开openbabel 分子格式转换的一个软件 将sdf文...
生物大分子的 X-射线衍射技术的进步为我们提 供了更多重要的蛋白和核酸分子的结构。这些结构可以作为生物活性物质的靶标,用于控制动植物的疾病,或 者可以使人们简单的理解活性物质在生物学方面的作用机理。准确的了解蛋白靶标和这些活性小分子之间的相 互作用是十分重要的。因此,我们的目标就是为科研工作者提供一个...
这是蛋白结构没有处理好。百度搜索【小工具教程 处理PDB结构】和【蛋白/核酸/多肽-小分子对接(Vina)】...
在这些分子对接方法中,刚性对接适合考察比较大的体系, 比如蛋白质和蛋白质以及蛋白质和核酸之间的相互作用,他计算较为简单,原理也相对简单,主要 是考虑构象之间的契合程度。半柔性对接适合于处理小分子和大分子之间的对接。在对接过程中, 小分子的构象一般是可以变化的,但大分子则是刚性的。由于小分子相对较小,因此...
Pymol 软件:pymol 打开两个蛋白分子的 pdb 格式,将 SERT-model 叠合到 4M48-DAT 上, 保存叠合后的 SERT-model.pdb。(此步骤是重新定义 SERT-model 的坐标) 2. AutoDockTools: file -> ReadMolecule: SERT-moldel-align.pdbEdit -> Hydrogens : polar Only -> Ok Grid -> Macromolecule -> choose :...
因为我对接的对象是核酸，自己觉得没有像蛋白的结合位点那么明确吧，小分子构象相对影响程度比蛋白对接大...
1.1蛋白-小分子、蛋白-蛋白相互作用原理 1.2分子对接研究生物分子相互作用 1.3蛋白蛋白对接研究分子相互作用 蛋白数据库 1.PDB数据库介绍 1.1PDB蛋白数据库功能 1.2PDB蛋白数据可获取资源 1.3PDB蛋白数据库对药物研发的重要性 2.PDB数据库的使用 2.1靶点蛋白结构类型、数据解读及下载 ...
在这些分子对接方 法中,刚性对接适合考察比较大的体系,比如蛋白质和蛋白质以及蛋白质和核酸之间的相互 作用,他计算较为简单,原理也相对简单,主要是考虑构象之间的契合程度。半柔性对接适 合于处理小分子和大分子之间的对接。在对接过程中,小分子的构象一般是可以变化的,但...
AutoDock 4.2 官方使用教程中文版(Bioms小组翻译)AutoDock4.2
关键词:萘双加氧酶;同源建模;分子对接;活性中心;蛋白设计 MolecularsimulationoftheinteractionofnaphthalenedioxygenaseandpolycylicaromatichydrocarbonsAbstractPolycyclicaromatichydrocarbons(PAHs)areaclassoftypicalaromatichydrocarbonsorganicpollutantswhichinclude16commoncongeners.Inrecentyears,pollutionduetoPAHshasarousedgreat...