Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 4890、弹幕量 2、点赞数 115、投硬币枚数 44、收藏人数 343、转发人数 34, 视频作
1、蛋白准备 2、配体准备 3、生成亲和力图 4、运行AutoDock Vina 4.1 使用AutoDock4 力场 4.2 使用 Vina 力场 5、结果和后处理 在生理环境中,蛋白质和其他生物结构被水分子包围。当小分子与蛋白质结合时,它必须置换出占据结合腔的大部分水分子。然而,并不是所有的水分子都会被置换。一些水分子可能在不同但结...
本教程以Autodock Vina 1.2.2安装包中自带的例子“FDA认证的抗癌药物imatinib与c-Abl 蛋白进行对接(PDB ID: 1IEP)”作为介绍对象(具体路径:/your/pathway/AutoDock-Vina-1.2.2/example/basic_docking/solution)。为了使本教程更具有普适性,我们将从蛋白质的准备、配体的准备、对接盒子的设置、运行Vina(三种力场)...
本教程以Autodock Vina 1.2.2安装包中自带的“BACE-1蛋白与HEA-大环抑制剂0LG的对接 (PDB ID: 4DPF)为例介绍” (具体路径:/your/pathway/AutoDock-Vina-1.2.2/example/docking_with_macrocycles/solution)。由于大环分子与蛋白的对接过程和一般分子的情况十分类似,因此我们只介绍采用ADFR suite和Meeko程序处理...
或者下载到本地,使用Pymol打开并合并保存后,上传到一些在线的网页工具如https://proteins.plus/生成二维或者三维的蛋白-小分子相互作用图像。 在更新版本的流程中我还包含了3D互作的运行命令,均可自动运行。 Autodock_vina_colab对接得到的结果 (7L10自我对接) ...
---以下就是vina来做对接--- 17:00-18:10:导入处理好的蛋白和配体,设置对接盒子,输出config.txt。 18:10-20:30:vina对接并分析结果,保存pdb文件。 ---以下就是autodock结果来可视化--- 20:30-31:30:显示氢键长度,显示氨基酸残基名称。
AutoDock下载:https://autodock.scripps.edu/,需下载AutoDock Vina与AutoDock Tools。 Mgltools下载:http://mgltools.scripps.edu/downloads。 PyMOL下载:https://pymol.org/2/,学术版免费下载,对蛋白结构进行前处理及对接结果可视化。 OpenBabel下载:https://openbabel.org/wiki/Main_Page,将小分子结构文件转换...
在所有免费开源的分子对接软件中,auto dock 是非常经典的,其升级版,auto dock vina 表现更好。通常情况下,我们需要分别下载Auto dock vina 和auto dock tools ,然后是使用tools 来准备蛋白质和小分子(多肽),比如删除水分子,添加电荷,定义对接盒子的位置和大小等,然后使用Auto dock vina 来运算,得到结果。
在Autodockvina的快速简易的对接方法https://www.bilibili.com/read/cv17081149中阐述的对大分子蛋白和小分子配体有些步骤没必要,现在进行简化 -受体准备- 打开AutoDockTools,在菜单栏点击File>ReadMolecule打开大分子pdb文件 ①除水:Edit>remove water ②加氢:Edit>Hydrogens>Add>OK ...
Autodock Vina 1.2.3、ADFR software suite、Meeko、AutoDockTool和Pymol 操作步骤 在本教程中,我们将以PDE蛋白与两种抑制剂 (PDB ID: 2X72) 的对接为例来介绍Autodock Vina的多配体Docking新功能。这两种抑制剂在这个蛋白中是立体异构体,其中只有R-构型能对接在特定的口袋;而R-构型和S-构型均可以在第二口袋...