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为了更加简洁,高效的完成小分子与蛋白的对接这一任务,本文向大家推荐这个在线版本的Autodock Vina或者其升级版本(Smina)的在线对接,你无需在自己电脑上安装任何东西。 https://colab.research.google.com/github/quantaosun/Autodock_vina_colab/blob/main/Free_Cloud_Docking_2D_3D.ipynbcolab.research.google.com...
教程材料 1、蛋白准备 2、配体准备 3、生成亲和力图 4、运行AutoDock Vina 锌存在于各种蛋白质中,对大多数生物体的新陈代谢非常重要。锌金属酶在癌症、心脏病、细菌感染和阿尔茨海默病等疾病中是治疗相关的靶点。在大多数情况下,针对这些酶的药物分子与锌离子形成配位相互作用。因此,准确预测配体与锌的相互作用是...
Autodock Vina由于其使用的方便性,运行速度快且开源,已成为目前使用最广泛的分子对接软件之一。家人们,那么现在就让我们一起利用autodock vina实现以蛋白为受体的分子对接吧~, 视频播放量 4890、弹幕量 2、点赞数 115、投硬币枚数 44、收藏人数 343、转发人数 34, 视频作
将下载好的蛋白和配体分子导入PyMOL中,点击“Plugin -> Legacy Plugins -> Autodock/Vina”打开“PyMOL Autodock/Vina Plugin”窗口; 在“Scripts and Program Paths”处设置相应程序的路径和工作目录,设置好后点击“Save Plugin Configuration File”保存配置...
使用AutoDockTools为AutoDock Vina分子对接准备蛋白质分子文件, 视频播放量 2007、弹幕量 0、点赞数 10、投硬币枚数 0、收藏人数 28、转发人数 6, 视频作者 盐城盐粒子, 作者简介 化学、物理、钢笔、硬笔、书法、摄影。,相关视频:用AutoDockTools为AutoDock Vina 分子对接
【虚拟筛选】使用Autodock_vina进行批量分子对接_哔哩哔哩_bilibili 但是接着就要看这个(上面那个不是很全),这个大佬最详细(蛋白的处理看这个) 小分子虚拟筛选与分子模拟课程——4.批量小分子对接_哔哩哔哩_bilibili 基础知识:比如为何需要pdbqt格式 分子对接基础知识 - xiaojikuaipao - 博客园 (cnblogs.com) 安装的...
AutoDock vina的计算需要用到两个程序,即vina.exe和vina_split.exe。其中vina.exe是用来做对接,vina_split.exe用来分割对接构象结果。在运算之前,从下载好的文件夹中复制这两个程序至6NJS文件夹中。同时将保存的蛋白及原配体的.PDB文件也放置在该文件夹中,其中6njs.pdb为蛋白文件,KQV701.pdb为原配体文件。
1 在执行vina分子对接过程中,主要的预处理软件事Autodock tools这个软件,前面autodock vina批量对接我们已经介绍过其安装过程,首先打开这个软件; 2 应用该软件打开已经准备好的蛋白分子,注意要放在我们指定的文件夹中; 3 对该蛋白分子进行加氢反应; 4 选择所有的氢原子,点击OK; ...