图3. ATAC-seq的原理和工作流程。 A. ATAC-seq、ChIP-seq和RNA-seq的原理。B. ATAC-seq数据分析的通用流程。 ATAC-seq技术通常需要额外的步骤来去除线粒体DNA的污染,这可以通过实验和分析来完成;一些高通量测序技术不可避免地会产生错误或偏差,包括ATAC-seq。研究发现Tn5转座酶优先靶向核小体DNA的出入位点,这...
MNase-seq: 和DNase-seq技术互补,主要是利用外切酶将含有核小体包裹的区域切割下来并测序,反向比较获得开放染色质区域。弊端和DNase-seq也类似。 FAIRE-seq: 利用甲醛将染色质中裸露的DNA进行固定,超声波打断染色质,再通过酚氯仿抽提来分离打断的DNA。步骤复杂,样品制备周期长。 ATAC-seq: 利用Tn5转座酶,切割DNA的...
🔍 技术原理:简单而高效 ATAC-seq使用Tn5转座酶在切割DNA的同时添加测序接头,经过PCR扩增后即可获得测序文库。相比其他方法,如DNase-seq和MNase-seq,ATAC-seq更为简单,需要的细胞数量也较少(500或50000),且实验时间短,一天内即可完成。🌐 应用范围:全基因组调控元件分析 通过一次ATAC-seq实验,研究者可以获得特定...
最后就是ATAC-seq技术,依赖改造的Tn5转座酶(转座DNA设计为测序接头)将测序接头引入染色质开放区,对酶切后的DNA片段进行富集,最后通过PCR扩增后进行高通量测序。另一方面,转座酶还可以切割开放区染色质附近的核小体间连接区DNA,简单来说可以得到MNase-seq和Dnase-seq两种技术的结果。 如下图所示,我们可以比较一下这...
ATAC-seq技术采用Tn5转座酶来切割未受蛋白质保护的DNA区域，用于分析染色质开放性与结构动态变化。该技术与ChIP-seq相辅相成，两者联合分析有助于探索蛋白调控基因表达的机制，为识别转录起始调控因子带来的转录差异提供可能。此外，ATAC-seq与ChIP-seq结合RNA-seq技术，能构建基因表达调控的综合图谱，揭示...
近几年来,单细胞测序技术一直是讨论热度极其高的话题,除了单细胞转录组,单细胞ATAC也逐渐引起科研人员的兴趣,使得在单细胞层面研究表观调控成为可能,它可以帮助我们在单细胞水平上分析染色质开放性特征,并深入了解基因调控机制,并且自2018年10X发布scATAC-seq后,相关发文数量直线上升,可见热度很高。
最后就是ATAC-seq技术,依赖改造的Tn5转座酶(转座DNA设计为测序接头)将测序接头引入染色质开放区,对酶切后的DNA片段进行富集,最后通过PCR扩增后进行高通量测序。另一方面,转座酶还可以切割开放区染色质附近的核小体间连接区DNA,简单来说可以得到MNase-seq和Dnase-seq两种技术的结果。
ATAC-seq技术原理 随着对基因调控机制认识的深入,人们发现表观遗传学的变化起着重要的作用。这些变化有DNA碱基修饰和染色质结构变化。目前可以使用广泛的测序技术来测量表观遗传学中染色质结构从低水平到高水平的变化。比如,检测DNA甲基化的重亚硫酸盐测序法、检测3D基因组的Hi-C、DNase-seq、MNase-seq、FAIRE-seq和...