尽管ATAC-seq 实验方法相对简单且稳定,但是专门为 ATAC-seq 测序数据开发的生物信息学分析软件却非常少。由于 ATAC-seq 和 ChIP-seq 数据的相似性较高,ChIP-seq 分析使用的软件一般也可用于 ATAC-seq 的分析,但是使用 ChIP-seq 软件分析得到的 ATAC-seq 结果尚未得到系统性的评估。 step1:质控 step2:比对 step3...
1、ATAC-seq+RNA-seq: 一般,RNA-seq会优先于ATAC-seq先测,得到表达差异基因后,可以通过ATAC-seq来做motif分析,寻找是谁调控了目的基因,然后再进行后续的实验验证。 另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因...
tssLocations <- tssLocations[as.numeric(myindex)] seqlevels(tssLocations) <- mainChromosomes soGGi 包的 regionPlot() 函数需要一个 BAM 数据文件来绘制提供给 bamFile 参数和一个 GRanges 来绘制提供给 testRanges 参数。 library(soGGi) sortedBAM <- "~/Downloads/ATAC_Workshop/Sorted_ATAC_50K_2.ba...
在完成基因比对后,要对ATAC-seq的数据完成两个基本的统计(ATACseqQC),1是测序片段长度分布;2是数据在转录起始位点的信号强度: i. 成功的ATAC-seq实验应生成片段大小分布图,其具有递减的和周期性的峰,对应于无核小体区域(NFR)(<100 bp)和单核、双核和三核小体(〜200, 400,600碱基对)。 ii. NFR的片段...
atac seq数据分析一问就够下 stata数据分析 提示:文章写完后,目录可以自动生成,如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录 一、面板数据基本概念 二、STATA长面板数据分析步骤 1.数据导入与处理 2.描述性统计 3.单位根检验 4.协整检验 5.模型的筛选 6.模型的检验...
ATAC-seq中分析出来的fragment图样本质检有明显有差异可能存在以下原因：1.样本质量：样本的细胞活性差、...
ATAC-seq(Assay for Transposase Accessible Chromatin with high-throughput sequencing)是一种利用转座酶研究染色质可接近性的测序技术,利用DNA转座酶Tn5切割开放的DNA区域结合高通量测序研究染色质的开放状态。与传统的MNase-seq以及DNase-seq相比,其具有可重复性强,实验步骤简单,需要的实验样本量少等优点,因而被广泛应...
ATAC-Seq和Chip-Seq都是对特定基因组区域进行的测序方法,在分析流程上有很大的相似性,因此在这一节同时介绍一下两者的分析方法。 分析流程.png Tips:这里先介绍一下上游的分析流程,在数据的质控和比对方面所有组学均大同小异。 2.1 指控与过滤:trim_galore ...
//mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda conda config --set show_channel_urls yes ##新建小环境 conda create -n atac python=2 bwa conda info --envs source activate atac ##可以用search先进行检索 conda search trim_galore ##保证所有的软件都是安装在atac这个环境下面 conda install ...
目前,单细胞ATAC-seq分析工具Scasat在细胞分类中的表现出积极的作用。Scasat是一个用简单的步骤处理scATAC-seq数据的完整管道。它将数据视为二进制,并应用特别适用于二进制数据的统计方法。该管道是在Jupyter笔记本环境中开发的,该环境包含可执行代码以及必要的描述和结果。 一.完整的Scasat工作流程 下图描述了完整的...