在R 中预处理 ATACseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig Session 1 Part_2 本节演示如何使用ATACseq数据评估可访问性的全局变化。会话部分: 在R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。 从数据库中...
ATAC-seq 特定选项: -j: 使用 ATAC-seq 模式(默认为关闭)。 -d <int>: 将切割位点扩展到 <int> bp(默认为 100)。 -D: 跳过 Tn5 切割位点的调整(默认为关闭)。 峰值调用选项: -p <float>: 最大 p 值阈值(默认为 0.01)。 -q <float>: 最大 q 值阈值(FDR-adjusted p-value; 默认为 1)。
1 ~/project/atac/raw/2-cell-1_1.fastq.gz ~/project/atac/raw/2-cell-1_2.fastq.gz 2 ~/project/atac/raw/2-cell-2_1.fastq.gz ~/project/atac/raw/2-cell-2_2.fastq.gz 3 ~/project/atac/raw/2-cell-4_1.fastq.gz ~/project/atac/raw/2-cell-4_2.fastq.gz 4 ~/project/atac/raw...
install.packages('BiocManager')BiocManager::install('RockefellerUniversity/RU_ATACseq',subdir='atacseq') 来自CRAN 和 Bioconductor 代码语言:javascript 复制 install.packages('BiocManager')BiocManager::install('methods')BiocManager::install('ggplot2')BiocManager::install('rmarkdown')BiocManager::install('Sho...
ATAC-seq分析:教程简介(1) 简介 本课程介绍Bioconductor中的ATACseq分析。 该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常ATACseq分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。 环境准备 IGV IGV 可以从BROAD网站安装。 》https://www.broadinstitute.org/igv/...
在R 中预处理 ATACseq 数据 数据比对 为可视化创建 bigWig Session 1 Part_2 本节演示如何使用 ATACseq 数据评估可访问性的全局变化。会话部分: 在R 中注释 ATACseq 数据 绘制无核小体和单核小体信号 绘制DNA 结合蛋白周围的切割位点 Session 2 Part_3 本节演示如何评估 ATAC-seq 数据中的基序。 从数据库...
本课程介绍Bioconductor 中的ATACseq 分析。该课程由 2 个部分组成。这将引导您完成正常 ATACseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异可及性测试。环境准备IGVIGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.broadinstitute.org/igv/...
conda create-n atac-y python=2bwa conda info--envs source activate atac# 可以用search先进行检索conda search trim_galore## 保证所有的软件都是安装在 wes 这个环境下面conda install-y sra-tools conda install-y trim-galore samtools bedtools ...