案例解析:ATAC-seq多组学解析细胞衰老机制 细胞衰老是一种复杂的多因素生物现象,在衰老和衰老相关疾病中起着重要作用。在衰老过程中,最终由于多因素应激导致衰老的细胞会经历组蛋白的普遍丧失,并伴随局部和全局染色质重塑、激活性和抑制性组蛋白修饰的不平衡,以及全局转录变化。在这项研究中,作者使用了多组学联合研究的...
解析表观遗传学的工具——ATAC-seq（一）在前面的文章中伯小远给大家介绍过ChIP-Seq的实验原理、过程及应用，同时引入了很多表观遗传学的基础知识（解析表观遗传学的工具——ChIP-Seq（一），解析表观遗传学的工具——ChIP-Seq（二）），有了前面这些知识做铺垫，现在再来学习ATAC-seq的相关内容应该就会容易很多...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异，旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域（Differentially accessible regions，DARs）、上游motif和转录因子（TFs）。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起...
针对以上热门科研问题,我们非常荣幸地邀请到了中山大学的丁俊军教授、诺禾致源的高级产品经理丁晓敏以及近岸蛋白产品应用技术专家马胜,分别围绕染色质调控机制、ATAC-seq生信数据分析和应用案例解析以及实验技术和操作细节等主题,分享最新的研究进...
案例解析 研究题目:Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis(人类发育过程中造血功能的scRNA-seq和ATAC-seq数据整合分析) 发表杂志及时间:Cell Stem Cell. 2021 Mar 4; 28(3): 472-487.e7. 研究背景:在人类发展过程中,造血功能的调节仍不明确。而且有研究发现...
1. 寻找开发区域 ATACseq 的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段(如 Greenleaf 论文...
#---重要参数解析---# #默认会进行低质过滤,如果不希望进行,可使用参数-Q或者“disable_quality_filtering”目前支持过滤通过N碱基的数量和不合格碱基的百分比。 #-q,--disable_quality_filtering 设置碱基的质量值。默认平均质量值>=Q15是合格的 #-u,--unqualified_percent_limit允许多少百分比的碱基不合格(0~...
案例解析: Nfib Promotes Metastasis through a Widespread Increase in Chromatin Accessibility.Cell,IF:31.398 该文章是通过比较原发性和肝转移性的小细胞肺癌细胞之间的差异,从而研究人小细胞肺癌促进癌症扩散转移的背景机制。首先利用ATAC-seq,发现NFI家族转录因子富集在具有差异的染色质开放位点中,预示着NFI家族转录因...
因此,通过分析开放染色质的分布和状态,研究人员可以识别细胞类型特异性调控区域、解析基因表达的动态变化以及探究在不同生理和病理条件下基因调控的差异。开放染色质的研究有助于理解细胞分化、发育、环境响应等过程中基因表达的调控机制,并提供疾病诊断和治疗的新思路。