1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目:核纤层样...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用,例如ChIP-seq,或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
研究人员使用ATAC-seq和RNA-seq联合分析来揭示在木瓜成熟过程中用1-MCP处理不同时间的染色质可及性的差异,旨在确定1-MCP处理下延迟和导致木瓜异常成熟的关键差异可及性区域(Differentially accessible regions,DARs)、上游motif和转录因子(TFs)。这有助于确定在与木瓜成熟相关的乙烯和生长素信号通路的相互作用中起调节...
染色质的可及性是表观遗传学的重要组成部分,除此之外,表观遗传学还包括核小体定位、转录因子占用等,对表观遗传学的研究主要采用高通量、全基因组的方法,例如:MNase-seq、DNase-seq、FAIRE-seq、ATAC-seq等。 图1 开放染色质与封闭染色质(Baylin et al., 2007)。 2、ATAC-seq的由来 对于MNase-seq、DNase-s...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。 2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。 3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。 2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。 3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。 2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。 3、体内和体外试验表明,CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达,从而参与乙烯和生长素信号通路,并影响木瓜果实成熟过程的调控。
ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在Nature Methods首次发表。 3、ATAC-seq的原理及过程 ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上...
ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在Nature Methods首次发表。 3、ATAC-seq的原理及过程 ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上...
ATAC-seq是“Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high-throughput Sequencing”的缩写,最早是由斯坦福大学的Howard Chang和William Greenleaf实验室的首席研究员Jason Buenrostro于2013年在Nature Methods首次发表。 3、ATAC-seq的原理及过程 ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术,它是一种在全基因组水平上...