可以使用不同的启动子来控制表达水平,常用的有CMV(巨细胞病毒)启动子和EF1α(延伸因子1α)启动子。 应用:功能验证:研究特定基因或蛋白质的功能,特别是在表观遗传调控中的作用。 机制研究:探索特定基因或蛋白质如何影响其他基因的表达、细胞周期、细胞分化等。 信号通路分析:确定特定基因或蛋白质在信号传导通路中的...
本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。 ATAC-Seq 实验...
ATAC-seq是一种研究表观遗传的创新型技术，它是一种在全基因组水平上通过高度活跃的Tn5转座酶作为探针，切割DNA序列来定位染色质可及性的方法(Buenrostro et al., 2013)（图2）。DNA转座是DNA转座子在DNA转座酶的辅助下，从染色体的一个区域转移到另一个区域的现象(Chuong et al., 2017)。DNA转座子要求插入...
表观研究涉及的范围非常广泛,包括DNA甲基化,组蛋白修饰,RNA的可变剪切,miRNA调控,转录调控,染色质可及性分析等。表观研究受限于研究技术手段的不成熟,一直被认为是基础生命科学研究的一个难点。数十年来,各国的科学家们一直致力于在表观研...
在基因组DNA没有发生改变的情况下，研究基因功能发生可遗传的变化并最终导致表型变化的原因是表观遗传学的主要内容，其中许多与复杂性状相关的遗传变异优先位于易接近的染色质区域（染色质可及性或开放性）。ATAC-seq是2013年由斯坦福大学William J. Greenleaf和Howard Y. Chang实验室开发的用来研究染色质可及性的方法...
ATAC-seq技术的发展得益于Tn5转座酶的研究，Tn5转座酶的应用，大大简化了开放染色质研究的时间，从最初2-3天的实验周期，缩短到2-3小时【5】。图1.来源：Lee B. H. et al. 2021从上面的介绍，我们看到，Tn5酶的出现，确实是改变了表观技术研究的应用，ATAC-seq技术问世以来，大量的样本获得了较好的开放染色...
在表观遗传研究中,ATAC-seq 能够探索表观修饰是否与研究目标有相关性,可通过 Open Chromatin 区域和 Motif 分析寻找参与基因调控的转录因子。ATAC-seq、CUT&Tag 和 RNA-seq 等方法技术能够助力科研人员进行相关研究 ATAC-seq 的技术限制 Tn5 通过插入剪断 DNA 并将测序接头连接到剪断的两个 DNA 片段的末端,因此对...
ATAC-seq(Assay for Targeting Accessible-Chromatin with high-throughout sequencing)是一种快速检测方法,可通过识别具有开放或可及状态的染色质区域来分析整个基因组的表观遗传概况。 ATAC-Seq实验仅需要约50,000个细胞作为起始样本,且实验步骤相对较为简单,是开始表观遗传研究的一种非常高效的方法。
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...