ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用，那关于ATAC-seq技术，你了解多少呢？要介绍ATAC-seq，不得不提到它的发展史。在染色质开放性研究领域，也是走了一段长长的路，这条路也是一条长江后浪推前浪的路。在这条开放性研究的道路，老前辈是DNase-seq，这项技术的开发主要是...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
图2 ATAC-seq原理图[9] 尽管目前科学家们的大部分研究是在群体细胞中探寻其相关的表观遗传学平均特征,但是极其复杂和富有异质性的组织更加吸引科学家想“高分辨率”地一探究竟,因此单细胞表观遗传学研究得以受到关注和发展。 Buenrostro等将ATAC-seq的方法与Fluidigm的单细胞平台C1整合,通过简单的程序...
ATAC-seq: 以下内容来自知乎:https://zhuanlan.zhihu.com/p/31924355 真核生物的DNA并不裸露在外面,而是与组蛋白相结合,即DNA缠绕在组蛋白上(即形成核小体),形成念珠状结构。然后,进一步折叠,压缩,并在其他架构蛋白的辅助作用下,形成染色体。 DNA复制时,DNA需要先从核小体上解下,即打开染色质,这部分开放的染色...
ATAC-Seq (Assay for Transposase-Accessible Chromatin with highthroughput sequencing)作为表观遗传学研究技术大家庭中的重要成员,已经在越来越多的研究中得以应用。其技术原理见:https://mp.weixin.qq.com/s/fVXgsHm8FNtkJFTFZuIQZQ。 今天,我们来带大家看一篇ATAC-Seq在植物中的应用案例,为广大植物表观遗传研究...