ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
1、ATAC-seq发现MADS转录因子参与木瓜果实成熟。2、ATAC-seq和RNA-seq的联合分析显示CpAGL18和与生长素和乙烯相关的八个基因在果实成熟中可能具有重要作用。3、体内和体外试验表明，CpAGL18结合并激活CpACS1和CpSAUR32的表达，从而参与乙烯和生长素信号通路，并影响木瓜果实成熟过程的调控。文献案例二 题目：核纤层样...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作流程,文库时间更短(仅需3小时)即可完成文库构建,起始样本要求更低,抗体投入量更少,文库产量更高等优点,是表观遗传学研究技术的又一研究利器,目前已开放GeneRulor Transposome和ATAC-seq的试用申请,欢迎查询采购和申请免费试用。
ATAC-seq 获得的是全基因组处于开放状态的序列,这些序列包含了潜在的调控元件,属于表观遗传学的范畴,它通常与 RNA-seq、CUT&Tag/ChIP-seq、Hi-C 等技术相结合,可以深入研究基因表达的调控机制。 2. ATAC能分析转录因子吗? 可以通过ATAC分析寻找潜在可能结合的转录因子信息。ATAC-seq研究开放染色质的区域,这些区...
ATAC-seq作为表观组学研究技术之一，已经被很多组学专家所接受并已经在应用，那关于ATAC-seq技术，你了解多少呢？要介绍ATAC-seq，不得不提到它的发展史。在染色质开放性研究领域，也是走了一段长长的路，这条路也是一条长江后浪推前浪的路。在这条开放性研究的道路，老前辈是DNase-seq，这项技术的开发主要是...
今天,小派介绍一下两位表观组学的常客 Chip-seq与ATAC-seq,尽管这两种技术在测序流程和数据处理方面具有诸多共性,比如都涉及基因组mapping,peak calling,peak注释,差异peak分析,motif分析等步骤,并且它们常与其他组学技术如 RNA-seq 结合,以揭示蛋白质调控基因机制。但两者在研究目标和实际应用方面有明显差异。小派这就...
不一样,这里的单细胞ATAC-seq是指一次细胞量在500个以上,做为一个样本进行的染色质可及性分析,而10x ATAC-seq是一次对上千个单细胞核进行染色质可及性分析,得到数据可以对应到每个单细胞上。 极客基因科技有限公司成立于2016年,专注于单细胞/少量细胞测序技术的开发推广及医学应用。公司为科研和企业用户提供技术服...
ATAC-seq的全称是Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing,是一种基于DNA转座酶的结合高通量测序技术,对染色体(质)开放性进行研究的一种创新性技术。 染色质其实本质上是DNA与蛋白质结合,也就是核小体的多重紧密螺旋压缩而成。而DNA...
1. ATAC-seq可以得到实验时点全基因组染色质开放信息,RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息,将两个组学数据联合分析,可以获得该时点下影响基因表达的的上游调控区域,寻找到影响基因表达的潜在TF(Transcription Factor)。 2. 通过对比不同细胞或者相同细胞在不同阶段的组学数据,可以对比出基因表达调控的差异。