所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态,主要应用于研究细胞重编程机制,染色质重塑因子,表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。下面这张图就是已知motif的足迹分析,大概会看到有9个碱基作用的motif 3、生成表观基因组图谱 4...
另一个思路是,看ATAC-seq测到的染色质开放DNA区域,对应的转录本表达量是否也有增加,这样再做RNA-seq可以找到对应的转录本相关基因,对富集到的基因进行功能分析,再结合实验表型验证,从而把一条线串起来:表观调控-表达-功能-表型 2、ATAC-seq+ChIP-seq: ATAC-seq之后需要做ChIP-seq来做进一步的验证。比如ATAC-seq...
所以ATAC-seq footprints可以帮助我们查看转录因子在全基因组上结合的状态，主要应用于研究细胞重编程机制，染色质重塑因子，表观修饰对疾病的作用域、T细胞耗竭等等。数据处理解读部分包括Peak calling和Visualisation。Peak calling是用软件MACS统计检测染色质开放区域，一般会有一个山谷般的峰。Visualisation部分...
ATAC-seq可用来鉴定重要转录因子、生成转录因子结合区域的特征、生成表观基因组图谱、在不同组织或条件下对应可及性区域、得到核小体位置等。此外，数据处理解读部分包括质控、peak calling和可视化，用于分析数据。ATAC-seq在应用中往往与其他测序技术结合使用，如与RNA-seq联用进行组合分析，可以优先于RNA-...