在植物中,ATAC-seq可以用来研究环境变化(如干旱、盐胁迫)如何影响染色质可及性和基因表达,这对于理解植物对环境适应的分子机制非常有用。 (9)免疫学 ATAC-seq可以用来研究免疫细胞在激活或分化过程中的染色质动态变化,这对于理解免疫应答的调控具有重要意义。 (10)时间生物学 通过在不同时间点对细胞进行ATAC-seq分...
这项工作提供了包括ATAC-seq、RNA-seq和ChIP-seq在内研究细胞衰老中的可及性动力学、转录调节和表观修饰的改变,鉴定了参与衰老的重要基因,从而为衰老的分子机制提供新的见解。 舒桐科技推出的GeneRulor Transposome可以有效地进行ATAC-seq,同时公司还推出了ATAC-seq试剂盒,本ATAC-seq试剂盒优化了反应体系和实验操作...
ATAC-seq可以得到实验时间点全基因组染色质的开放信息，RNA-seq可以得到同一时点的基因表达信息，将两个组学数据联合分析，可以获得该时间点下影响基因表达的上游调控区域，寻找到影响基因表达的潜在转录因子。另外ATAC-seq还可以与其它组学技术联用，例如ChIP-seq，或者三个以上的技术一起组合使用。6.5 绘制染色质开放...
ATAC-seq技术原理示意图 酶切片段长度分布 由于Tn5 转座酶优先攻击染色质开放区,酶切片段的长度分布可以反映ATAC-seq实验中Tn5酶用量是否合适。单个核小体是由146bp的DNA缠绕在组蛋白上构成的,适量的Tn5酶只会切割裸露的DNA,而不会切割被核小体保护的DNA,因此正常实验,酶切片段长度分布图中会出现2~3个峰,ATAC-...
ATAC-seq,全称Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughout sequencing,即转座酶可接近染色质测序,是一种创新的表观遗传学研究技术。ATAC-seq的核心技术酶--转座酶Tn5可以把DNA序列进行随机打断,将测序接头直接插入到开放...
使用ATAC-Seq技术我们可以解决多种问题,如重大疾病发病机制研究;寻找疾病的染色质开放区域差异;研究转录因子结合调控的差异;识别发育过程中的新型增强子;进行核小体定位等。 另外,该技术还可以与其它技术联合使用,比如与ChIP-seq相结合,使用后者来验证通过ATAC-Seq预测得到的转录因子潜在结合区域。又或者可以与转录组测序...
1. 寻找开发区域 ATACseq 的一个共同目标是识别转录因子结合和/或转录机制活跃的无核小体区域。该核小体游离信号对应于小于一个核小体的片段(如 Greenleaf 论文...
ATAC-seq被广泛应用于解析基因组中转座酶易接触位点，并以此绘制染色质开放图谱，预测TF结合位点，展现启动子、增强子等关键调控元件分布，帮助阐明基因表达调控机制。转入医学研究场景，ATAC-seq不仅可以解析在特定生理或病理状态下基因组关键区域的染色质开放性变化，还可以辅助全基因组关联研究的疾病变异定位，通过TF结合...
首先我们来看看，ATAC-seq是什么意思？本文的说法：Assay for Transposase Accessible Chromatin using sequencing，简称ATAC-seq，即运用测序手段研究转座酶可接近的染色质的实验。关键词：测序，转座酶可接近染色质，转座酶能接近的区域，也就是处于开放状态的区域，这也是本实验的关键所在，测序和染色质开放区域。下图用...